结论：无固定工时制下，仅在十一期间支付三天加班费是否违法，需视具体情况而定，但多数情况下可能构成违法。

一、无固定工时制与加班费的基本规定

无固定工时制，通常指的是不定时工作制或综合计算工时工作制。在这种制度下，员工的工作时间并不固定，可能因工作性质、任务需求等因素而有所变化。然而，这并不意味着用人单位可以随意安排员工的工作时间而不支付加班费。

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，即使实行不定时工作制或综合计算工时工作制，员工在法定节假日（如十一国庆节）工作的，用人单位仍需按照不低于劳动合同规定的劳动者本人日或小时工资标准的300%支付劳动者工资，即需支付三倍工资作为加班费。

二、十一期间加班费的支付情况分析

1. 若十一期间全部为法定节假日：

   • 在这种情况下，员工在十一期间工作的每一天都应视为法定节假日工作，用人单位需支付三倍工资作为加班费。因此，仅支付三天加班费显然是不够的，除非这三天恰好覆盖了所有的法定节假日天数（但通常十一假期会包含多个法定节假日天数）。

2. 若十一期间包含法定节假日与休息日：

   • 法定节假日部分仍需支付三倍工资。
   • 休息日部分（如调休的周末），若员工不能安排补休，则需支付两倍工资作为加班费。
   • 在这种情况下，仅支付三天加班费也可能不足，具体取决于法定节假日与休息日的分布情况。

三、可能存在的违法情形

• 未足额支付加班费：如上述分析，若十一期间包含多个法定节假日天数，而用人单位仅支付了三天加班费，则很可能未足额支付加班费，构成违法。
• 未区分法定节假日与休息日：若用人单位未正确区分法定节假日与休息日，并据此支付相应的加班费，也可能导致违法。

四、建议与后续行动

1. 核实假期天数与性质：首先，员工应核实十一期间的具体天数以及其中法定节假日与休息日的分布情况。
2. 与用人单位沟通：若发现用人单位未足额支付加班费，员工可与用人单位进行沟通，要求其补足差额。
3. 寻求法律援助：若沟通无果，员工可向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。

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