结论前置：针对员工上班三天故意受伤并申请劳动仲裁的情况，用人单位需从证据收集、法律适用、仲裁应对及后续管理四个方面综合处理。以下是具体分析：

1. 证据收集与固定：证明“故意受伤”是关键

• 核心证据：需收集能直接证明员工主观故意的材料，例如：
  • 现场监控录像（显示员工故意操作危险设备或自伤行为）；
  • 同事证言（目击员工违规操作或自述受伤经过）；
  • 医疗诊断记录（结合伤情与工作内容的关联性，如非工作必需部位受伤）；
  • 员工书面陈述或录音（若员工承认故意行为）。
• 法律意义：根据《工伤保险条例》第十六条，职工故意犯罪、醉酒或吸毒、自残或自杀导致的伤害，不得认定为工伤。若能证明“故意受伤”，用人单位可主张不承担工伤赔偿责任。

2. 法律适用：区分“工伤”与“非工伤”

• 工伤认定标准：根据《工伤保险条例》第十四条，工伤需满足“工作时间、工作场所、因工作原因”三要素。若员工故意受伤与工作无关（如自残），则不符合工伤条件。
• 用人单位责任：若被认定为工伤，用人单位需承担工伤保险待遇（如医疗费、停工留薪期工资）；若非工伤，用人单位仅需按病假或事假处理，无需支付工伤待遇。

3. 劳动仲裁应对策略

• 答辩要点：
  1. 否认工伤事实：提交证据证明员工故意受伤，主张不符合工伤认定条件；
  2. 反驳赔偿请求：若员工主张工伤赔偿，需明确拒绝并说明法律依据；
  3. 反诉或抗辩：若员工行为给用人单位造成损失（如设备损坏），可提出反诉要求赔偿。
• 程序注意：仲裁时效为1年（自知道或应当知道权利被侵害之日起计算），需及时提交答辩材料。

4. 后续管理建议

• 完善规章制度：在员工手册中明确禁止自残、故意受伤等行为，并规定相应处分措施；
• 安全培训与监督：加强工作场所安全培训，安装监控设备，减少纠纷风险；
• 法律合规审查：定期审查劳动合同、工伤保险缴纳情况，确保符合《劳动合同法》《社会保险法》要求。

5. 特殊情形提示

• 若证据不足：若无法直接证明“故意受伤”，仲裁机构可能倾向于保护劳动者权益，认定工伤。此时用人单位可考虑：
  • 与员工协商和解，降低诉讼成本；
  • 提起民事诉讼，主张员工返还已支付的工伤待遇（需以“不当得利”为由）。
• 若涉及刑事责任：若员工行为涉嫌诈骗（如伪造伤情骗取赔偿），用人单位可向公安机关报案。

总结：用人单位需以证据为核心，通过法律程序否定工伤认定，同时完善内部管理以防范风险。如有具体证据或案件细节需进一步分析，可直接向我咨询。