申请劳动仲裁时，理论上是可以申请确认在职时的劳动关系的，若遇到不让申请的情况，可能有以下几种原因：

1. 仲裁请求不明确或超出仲裁范围：

   • 在申请劳动仲裁时，必须明确、具体地提出仲裁请求。如果请求确认劳动关系的内容表述不清，或者该请求并不属于劳动仲裁的受理范围（尽管确认劳动关系通常属于），仲裁机构可能会要求申请人进行修正或不予受理。
   • 建议：确保仲裁请求明确、具体，且属于劳动仲裁的受理范围。可以详细描述在职时间、工作岗位、工资支付情况等，以证明劳动关系的存在。

2. 已超过仲裁时效：

   • 根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。如果申请人超过这个时效期间才提出申请，仲裁机构可能会不予受理。
   • 但需注意：对于确认劳动关系的请求，时效的起算点可能较为复杂，因为劳动关系的存在是一个持续的状态，而非一个具体的侵权行为。不过，如果申请人是在离职后很久才提出确认劳动关系的请求，且没有合理的理由解释为何延迟，那么可能会面临时效问题。
   • 建议：如果认为自己的请求可能涉及时效问题，应尽快咨询专业律师，评估时效风险，并在必要时采取补救措施。

3. 证据不足或无法证明劳动关系：

   • 在申请确认劳动关系时，申请人需要提供足够的证据来证明劳动关系的存在。这可能包括劳动合同、工资支付记录、工作证、考勤记录等。如果申请人无法提供这些证据，或者提供的证据不足以证明劳动关系，仲裁机构可能会不予支持其请求。
   • 建议：在申请前，尽量收集并整理好与劳动关系相关的所有证据。如果某些证据难以获取，可以咨询专业律师，了解如何通过其他途径（如申请法院调查取证）来获取。

4. 仲裁机构或仲裁员的理解与判断：

   • 在某些情况下，仲裁机构或仲裁员可能对申请人的请求存在理解上的偏差或判断上的不同。例如，他们可能认为申请人提供的证据不足以证明劳动关系的存在，或者认为申请人的请求与实际情况不符。
   • 建议：如果认为仲裁机构或仲裁员的判断存在错误或不合理之处，可以在收到仲裁裁决后，按照法定程序向人民法院提起诉讼。

5. 程序性或技术性问题：

   • 有时候，不让申请确认劳动关系可能是由于程序性或技术性问题导致的。例如，申请人可能没有按照仲裁机构的要求填写申请表格、提交材料不齐全或不符合规定等。
   • 建议：在申请前，仔细阅读仲裁机构的申请指南和要求，确保所有材料都齐全、符合规定。如果有任何疑问或不确定的地方，可以咨询仲裁机构的工作人员或专业律师。

若遇到不让申请确认在职时劳动关系的情况，不要慌张。首先，可以与仲裁机构沟通，了解具体原因；其次，根据原因采取相应的补救措施；最后，如果认为自己的权益受到了侵害，可以依法向人民法院提起诉讼。如果有任何法律问题或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。