对未经质证的鉴定材料进行鉴定，鉴定机构通常需要承担一定的责任。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律程序角度

根据司法鉴定的一般流程，法院在准许鉴定后，会组织双方当事人对鉴定材料进行质证。未经质证的材料，不得作为鉴定的根据。这是为了确保鉴定材料的真实性和合法性，从而保障鉴定结果的公正性和准确性。如果鉴定机构在未经质证的情况下使用了鉴定材料，并据此作出了鉴定意见，那么该鉴定意见可能因程序违法而被视为无效。在此情况下，鉴定机构因其违反法定程序的行为，需要承担相应的责任。

二、鉴定机构责任角度

鉴定机构作为专业的第三方机构，其职责是依据科学方法和专业知识，对委托事项进行客观、公正的鉴定。如果鉴定机构在鉴定过程中未遵循法定程序，如未经质证就使用鉴定材料，那么其可能因未尽到谨慎、勤勉的义务而承担责任。这种责任可能包括重新鉴定、赔偿损失等，具体取决于鉴定机构的过错程度以及给当事人造成的实际损失。

三、实际操作与后果角度

在实际操作中，如果鉴定机构对未经质证的鉴定材料进行了鉴定，并出具了鉴定意见，那么该鉴定意见在法庭上可能会受到质疑。对方当事人可能会以此为由，要求重新鉴定或申请鉴定人出庭作证，以证明鉴定意见的不可靠性。如果法庭最终认定鉴定意见因程序违法而无效，那么鉴定机构可能需要承担因重新鉴定而产生的额外费用，以及可能因鉴定意见被否定而给当事人造成的损失。

四、建议与预防措施

1. 严格遵循法定程序：鉴定机构在接受鉴定委托后，应严格按照法定程序进行操作，确保所有鉴定材料都经过质证。
2. 加强内部管理：鉴定机构应建立健全内部管理制度，加强对鉴定人员的培训和管理，提高其法律意识和程序意识。
3. 及时沟通与反馈：在鉴定过程中，如果发现鉴定材料存在问题或需要补充材料，鉴定机构应及时与法院和当事人沟通，确保鉴定工作的顺利进行。

如果有任何关于合同纠纷或刑事辩护的法律问题，可以直接向我咨询。我将运用我的专业知识和经验，为你提供全面、准确的法律解答。