核心结论：员工在职期间突发疾病且后期不能上班，公司需依据法律规定和实际情况，从医疗期、工资支付、劳动合同处理等方面妥善处理。以下是具体分析：

1. 医疗期确定与待遇

• 医疗期时长：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期长度与员工工作年限和在本单位工作年限相关（如3-24个月）。例如，工作10年以下、在本单位工作5年以下的员工，医疗期为3个月。
• 医疗期待遇：医疗期内，公司需按当地规定支付病假工资或疾病救济费（通常不低于最低工资标准的80%），并继续缴纳社保。若员工医疗期满后仍不能工作，公司需进一步评估。

2. 医疗期满后的处理

• 不能从事原工作：若员工医疗期满后不能从事原工作，公司应安排其从事力所能及的其他岗位。若仍不能胜任，公司可提前30日书面通知或支付1个月工资后解除劳动合同，并支付经济补偿金（按工作年限，每满1年支付1个月工资）。
• 完全丧失劳动能力：若员工经劳动能力鉴定为完全丧失劳动能力，公司不得解除劳动合同，需按国家规定支付伤残津贴或一次性伤残补助金（如适用工伤保险）。

3. 经济补偿与赔偿

• 合法解除的补偿：若公司依法解除劳动合同，需支付经济补偿金（N倍月工资，N为工作年限）。若未提前30日通知，需额外支付1个月工资（代通知金）。
• 违法解除的赔偿：若公司未履行法定程序或未支付补偿，员工可主张违法解除赔偿金（2N倍月工资）。

4. 特殊情形处理

• 工伤认定：若疾病与工作相关（如职业病），需先申请工伤认定。被认定为工伤的，享受工伤保险待遇（医疗费、伤残津贴等），公司不得随意解除合同。
• 非工伤疾病：若疾病非工伤导致，公司按医疗期规定处理，无需承担工伤责任。

5. 操作建议

• 完善制度：公司应制定病假管理制度，明确请假流程、医疗期核算方式及待遇标准。
• 沟通协商：与员工保持沟通，了解其康复情况，协商岗位调整或解除方案。
• 留存证据：保存医疗证明、病假申请、岗位调整通知等文件，以备纠纷时举证。

总结：公司需依法确定医疗期、支付病假工资，医疗期满后根据员工能力调整岗位或解除合同，并支付相应补偿。若涉及工伤或特殊疾病，需按专项规定处理。如有具体案例或细节疑问，可直接向我咨询。