核心结论：针对您描述的情况，若员工自动离职后两个月才主张未支付底薪，您需根据实际情况采取不同应对措施，关键在于核实是否已足额支付底薪及是否存在合法免责事由。以下分情况说明：

1. 若您已足额支付底薪，需提供证据自证

• 法律依据：根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位应保存工资支付记录至少两年备查。若您能提供工资条、银行转账记录、员工签字确认的工资表等证据，证明已支付底薪，则无需承担法律责任。
• 操作建议：
  1. 立即整理所有与该员工相关的工资支付凭证（如转账记录、工资条、考勤记录等）；
  2. 若员工曾签字确认工资构成（如底薪+提成），需提供签字文件；
  3. 若劳动局要求调解或立案，需在规定期限内提交证据。

2. 若您未支付底薪，需评估是否合法

• 合法情形：若劳动合同或规章制度中明确约定“自动离职视为放弃未结工资”，或员工离职时存在严重过错（如盗窃、泄露商业秘密等），您可能无需支付底薪。但需注意：
  • 劳动合同中的“放弃工资”条款可能因违反《劳动合同法》第二十六条（免除用人单位法定责任）而被认定无效；
  • 员工过错需有充分证据（如报警记录、监控录像等）。
• 违法情形：若无合法免责事由，您需补发底薪，并可能面临劳动局责令限期支付、加付赔偿金（50%-100%）的风险。

3. 若提成已支付但底薪未支付，需区分处理

• 提成性质：提成属于劳动报酬的一部分，但需明确其与底薪的独立性。若劳动合同约定“提成单独结算，不影响底薪支付”，则您仍需支付底薪。
• 操作建议：
  1. 核查劳动合同中关于工资构成的条款；
  2. 若提成支付与底薪支付无关联，需单独核算底薪；
  3. 若提成已包含底薪部分，需提供合同依据或员工确认文件。

4. 应对劳动局投诉的通用步骤

• 第一步：接收材料：劳动局会要求您提供工资支付记录、劳动合同、考勤记录等证据；
• 第二步：调解或答辩：若劳动局组织调解，您可主张已支付底薪或员工自动离职的免责事由；若进入仲裁程序，需在10日内提交答辩状；
• 第三步：执行裁决：若裁决您需支付底薪，需在规定期限内履行，否则可能面临强制执行。

风险提示：若您无法提供已支付底薪的证据，或劳动合同存在漏洞，可能面临败诉风险。建议立即整理所有相关证据，并咨询专业律师协助应对。

后续建议：若您需要进一步分析证据或制定应对策略，可直接向我提供劳动合同、工资支付记录等材料，我将为您详细解答。