核心结论：若开店时因饼干过期被市场监督管理部门查到，需积极配合调查，根据具体情况承担相应责任，后续要严格整改避免再犯。以下是详细分析：

配合调查阶段

1. 如实说明情况：当市场监督管理部门前来检查发现饼干过期时，要如实向执法人员说明这批过期饼干的来源、进货时间、数量以及过期的原因等信息。例如，是因为疏忽没有及时清理库存导致过期，还是进货时就存在临近保质期的情况等。这有助于执法人员准确了解事情全貌，为后续处理提供依据。
2. 提供相关证据：主动提供与这批饼干有关的进货凭证、销售记录等资料。进货凭证可以证明饼干的合法来源，销售记录能反映饼干在店内的销售情况，包括何时进货、何时开始销售以及销售数量等。这些证据对于确定责任大小和后续处理至关重要。

责任承担阶段

1. 行政责任：根据《中华人民共和国食品安全法》相关规定，经营超过保质期的食品，市场监督管理部门会没收违法所得和违法生产经营的食品，并可以没收用于违法生产经营的工具、设备、原料等物品；违法生产经营的食品货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款；情节严重的，吊销许可证。例如，如果这批过期饼干货值金额为 5000 元，那么可能会面临五万元以上十万元以下的罚款。
2. 民事责任：如果消费者因食用过期饼干导致身体受到损害，如出现食物中毒等症状，消费者有权要求店铺承担民事赔偿责任。赔偿范围包括医疗费、误工费、护理费等因身体损害产生的合理费用。店铺需要积极与消费者协商赔偿事宜，若协商不成，消费者可能会通过法律途径解决，店铺将面临诉讼风险。

后续整改阶段

1. 清理库存：立即对店内所有商品进行全面检查，将过期、变质以及临近保质期但无法在保质期内销售完的商品全部清理下架，防止再次出现销售过期食品的情况。
2. 完善管理制度：建立严格的食品保质期管理制度，设置专人负责定期检查商品保质期，可以采用电子系统或手工记录的方式，对每种商品的进货时间、保质期进行详细登记，并在临近保质期时设置提醒。同时，加强对员工的培训，提高员工对食品安全的认识和责任意识，确保员工在日常工作中能够严格按照规定操作。

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