当检查到货架上有过期食品时，商店或超市将面临一系列严格的法律处罚和责任追究，这些处罚涵盖行政、民事乃至刑事责任。以下是对此问题的详细解答：
一、行政责任
责令改正与警告：
- 执法部门会立即要求商店停止销售过期食品，并对过期食品进行清理下架。
- 同时，会给予商店警告，督促其严格遵守食品安全法规，加强食品管理。
罚款：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》的相关规定，经营超过保质期的食品将面临罚款。具体罚款金额根据违法经营的食品货值金额来定：货值金额不足一万元的，并处五万元以上十万元以下罚款；货值金额一万元以上的，并处货值金额十倍以上二十倍以下罚款。
没收违法所得与违法物品：
- 监管部门有权没收商店因销售过期食品所得的违法所得，以及尚未出售的过期食品。
责令停业整顿与吊销许可证：
- 在情节严重的情况下，如多次被查出有过期食品或造成严重后果，监管部门可以责令商店停业整顿，直至整改完毕并符合相关要求。
- 若违法行为特别严重，监管部门将吊销其食品经营许可证，取消其经营食品的资格。
二、民事责任
赔偿消费者损失：
- 如果消费者因食用过期食品而遭受人身损害，商店需承担包括医疗费、护理费、交通费等在内的合理费用。
- 若消费者因购买过期食品而受到欺诈，还可要求商店按照商品价款的三倍进行赔偿，增加赔偿的金额不足五百元的，为五百元。
承担违约责任：
- 如果商店与供应商或合作伙伴之间存在关于食品保质期管理的合同约定，并因此违约，还需承担相应的违约责任。
三、刑事责任
- 在极端情况下，如果销售过期食品的行为造成严重食物中毒事故或其他严重食源性疾病，对人体健康造成严重危害，或者有其他特别严重情节的，可能构成生产、销售不符合安全标准的食品罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，将面临严厉的刑事处罚。
应对建议
积极配合调查：在面临处罚时，商店应积极配合市场监督管理部门的调查，主动说明情况，如食品过期的原因、是否有及时采取召回措施等。
加强内部管理：为了避免类似问题再次发生，商店应加强内部的食品安全管理，定期检查食品的保质期，确保所有销售的食品均在有效期内。
寻求法律帮助：如果商店在应对此类问题时感到困惑或无法自行处理，应及时寻求专业的法律帮助或咨询，以确保自身权益得到妥善保护。
综上所述，商店在销售食品时必须严格遵守食品安全法规，确保所售食品均在保质期内。一旦发现过期食品，应立即采取措施进行处理，并积极配合相关部门的调查和处理工作，以减轻处罚并避免再次发生类似问题。