当超市货架上有过期食品被查出时，根据《中华人民共和国食品安全法》及相关规定，超市将面临一系列严格的法律处罚和责任追究。以下是对此问题的详细解答：
一、行政处罚
没收违法所得和违法物品：
- 县级以上人民政府食品安全监督管理部门（现市场监督管理部门）将没收超市因销售过期食品所得的违法所得，并同时没收这些过期的食品。若过期食品由不符合标准的原料生产或属于劣质食品，同样会被没收。
罚款：
- 根据违法经营的食品货值金额，超市将面临不同额度的罚款。若货值金额不足一万元，罚款金额为五万元以上十万元以下；若货值金额一万元以上，罚款金额为货值金额的十倍至二十倍。
责令整改：
- 监管部门会要求超市立即停止销售过期食品，并对存在的问题进行整改，如改善食品存储条件、加强食品检查流程等，以确保不再发生类似问题。
情节严重时的吊销许可证：
- 若超市存在多次销售过期食品、数量巨大或造成消费者严重人身伤害等情节，相关部门将吊销其食品经营许可证，导致超市无法继续从事食品经营活动。
二、民事责任
- 如果销售过期食品的行为导致消费者人身、财产或其他损害，超市作为经营者必须依法承担赔偿责任。这意味着超市需要为因其违法行为给消费者造成的实际损失买单，包括但不限于医疗费用、赔偿款等。
三、刑事责任（在严重情况下）
- 如果销售过期食品的行为构成犯罪，如生产、销售不符合安全标准的食品罪等，将依照《中华人民共和国刑法》的规定追究刑事责任。这可能导致超市负责人或相关责任人面临刑事处罚，如拘役、有期徒刑等。
四、应对建议
积极配合调查：
- 在面临处罚时，超市应积极配合市场监督管理部门的调查，主动说明情况，如食品过期的原因、是否有及时采取召回措施等。这些情节在一定程度上可能会影响处罚的具体裁量。
加强内部管理：
- 超市应建立完善的食品管理制度，定期检查食品的保质期，确保所有销售的食品均在有效期内。同时，加强员工培训，提高食品安全意识。
寻求法律帮助：
- 如果超市在应对此类问题时感到困惑或无法自行处理，应及时寻求专业的法律帮助或咨询，以确保自身权益得到妥善保护。
利用免责条款（如适用）：
- 根据《食品安全法》第一百三十六条，如果超市能证明履行了进货查验等义务，且不知道所采购的食品不符合标准，并能说明进货来源，可以免予处罚（但仍需没收不符合标准的食品；若造成损害，还需承担赔偿责任）。
综上所述，超市销售过期食品将面临严重的法律后果。为了减轻处罚、避免再次发生类似问题并保护消费者权益，超市应严格遵守相关法律法规，加强内部管理，并积极配合市场监管部门的调查和处理工作。