工伤认定两年后公司不承认工伤，员工仍可通过法律途径维护自身权益。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：

一、工伤认定的法律效力

首先，需要明确的是，工伤认定书具有法律效力。一旦社会保险行政部门作出工伤认定决定，该决定即具有法律约束力，公司不承认并不影响其效力。因此，即使公司两年后不承认工伤，员工仍可依据工伤认定书来维护自己的权益。

二、公司不承认工伤的应对措施

1. 协商解决：

   • 员工可先尝试与公司进行协商，要求公司按照工伤认定书进行赔偿。在协商过程中，员工可以出示工伤认定书、医疗诊断证明等相关证据，以支持自己的主张。

2. 申请劳动仲裁：

   • 若协商无果，员工可自劳动能力鉴定结论作出之日起1年内（若未进行劳动能力鉴定，则自知道或应当知道权利被侵害之日起计算），向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 在申请仲裁时，员工需准备好相关证据，如工伤认定书、医疗诊断证明、劳动合同等。这些证据将有助于仲裁委员会对案件进行审理和裁决。
   • 仲裁流程：包括提交仲裁申请、仲裁委员会受理、开庭审理、裁决等步骤。员工需按照仲裁委员会的要求参与仲裁程序，并积极配合提供证据。

3. 提起诉讼：

   • 若对仲裁结果不服，员工可在收到仲裁裁决书之日起15日内向人民法院提起诉讼。
   • 在诉讼过程中，法院将对案件进行全面审理，并根据事实和法律规定作出判决。员工需按照法院的要求参与诉讼程序，并积极配合提供证据。

三、公司不承认工伤的可能原因及应对

公司不承认工伤可能基于多种原因，如认为工伤认定存在错误、对工伤赔偿金额有异议等。然而，这些原因并不影响工伤认定书的法律效力。员工在应对时，可要求公司提供不承认工伤的合理依据。若公司无法提供充分证据支持其主张，则其主张通常不会被支持。

四、证据收集与保存

在整个过程中，员工需注意收集和保存与工伤相关的证据。这些证据包括但不限于：

• 工伤认定书
• 医疗诊断证明
• 劳动合同或劳动关系证明
• 工资发放记录
• 同事证人证言
• 事故现场照片或视频等

这些证据将有助于员工在协商、仲裁或诉讼过程中维护自己的权益。

五、特殊情况的处理

如果工伤认定超过两年，且没有特殊理由（如不可抗力、人身自由受到限制等），则正常途径很难再认定工伤。但员工仍可尝试与用人单位协商赔偿事宜，看能否达成和解。毕竟，工伤认定只是获取工伤保险待遇的前置程序，协商赔偿不一定完全依赖工伤认定结果。

总结与建议：面对公司不承认工伤的情况，员工应保持冷静，依据工伤认定书等法律文件来维护自己的权益。通过协商、仲裁或诉讼等法律途径，员工可以有效地解决纠纷并获得应有的赔偿。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。