若您有两份工作，其中一份工资未达到5000元，且存在重复扣除税费的情况，您可以通过年度汇算清缴的方式申请退税。以下是对此问题的详细分析：

一. 工资扣税标准与方式

1. 扣税标准：根据《中华人民共和国个人所得税法》，工资、薪金所得适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率进行扣税。应纳税所得额的计算方式为：工资收入金额－各项社会保险费－起征点（5000元）。若您的一份工作工资未达到5000元，理论上是不需要缴纳个人所得税的。
2. 扣税方式：对于居民个人，综合所得（包括工资、薪金所得）是按纳税年度合并计算个人所得税的。这意味着，如果您的两份工作工资在年度内合计超过了起征点，那么超出的部分才需要缴税。

二. 重复扣除的处理

1. 情况分析：若您的一份工作工资未达到5000元，但发现被扣除了税费，这可能是由于扣缴义务人（如雇主）在预扣预缴时出现了错误，或者是由于您在其他月份或年度的收入情况导致了误扣。
2. 处理方式：您可以在次年的3月1日至6月30日期间，通过税务机关的官方网站或指定渠道进行年度汇算清缴。在汇算清缴过程中，您可以申报自己的全年收入、扣除项目和已缴税额，税务机关会根据这些信息计算您应缴或应退的税额。如果发现存在重复扣除的情况，您可以申请退税。

三. 实际操作建议

• 保留证据：建议您保留好两份工作的工资单、社保缴纳记录等相关证据，以备在年度汇算清缴时使用。
• 及时咨询：如果您对年度汇算清缴的流程或操作有疑问，可以及时咨询税务机关或专业律师，以确保您的权益得到保障。

综上所述，若您的一份工作工资未达到5000元且存在重复扣除税费的情况，您可以通过年度汇算清缴的方式申请退税。建议您保留好相关证据，并及时咨询税务机关或专业律师以获取帮助。如有进一步需要，您可以继续咨询我。