针对您提出的“工程结束做结算时，甲方扣款但乙方未签字且不同意扣款，是否可以扣款”的问题，这实际上涉及到了工程款结算过程中的争议处理。以下是我为您提供的详细解答：

首先，要明确的是，甲方单方面扣款且乙方未签字同意的情况下，这种扣款行为在法律上并不当然具有效力。工程款的结算应当遵循双方签订的合同条款以及相关法律法规的规定。如果甲方提出的扣款项目或金额未经乙方认可，那么这种扣款就可能构成违约或不当得利。

针对这种情况，乙方可以采取以下步骤来维护自己的合法权益：

1. 协商解决：

   • 双方应首先依据合同条款和相关法律法规进行友好协商。乙方可以提供证据证明扣款不合理或扣款计算有误，并提出自己的结算方案。通过协商，双方有可能达成一致意见，从而避免进一步的法律纠纷。

2. 第三方调解：

   • 如果协商无果，双方可以申请由行业协会、专业调解机构等进行调解。这些第三方机构具有中立地位，可以帮助双方客观分析争议点，并提出合理的解决方案。

3. 请监理介入：

   • 如果项目设有工程监理，乙方可以要求监理单位根据实际情况出具公正意见，对争议事项进行评判。监理单位的意见通常具有一定的权威性，可以作为双方协商或调解的参考。

4. 法律途径：

   • 如果调解仍然无效，乙方有权收集充分的证据材料（包括但不限于施工合同、签证变更单、验收记录、财务往来凭证等），向人民法院提起诉讼，请求法院依法判决工程款支付问题。在诉讼过程中，乙方需要充分展示自己的证据，以证明甲方的扣款行为是不合理的。

5. 鉴定评估：

   • 在诉讼过程中，乙方还可以申请司法鉴定机构对扣款项目的合法性及数额进行鉴定。鉴定结果将作为法院判决的重要依据。

6. 保全措施：

   • 为了防止甲方转移财产导致日后判决难以执行，乙方还可以考虑申请财产保全。财产保全是一种法律手段，可以确保乙方在胜诉后能够获得应有的赔偿。

在整个过程中，乙方一定要遵循法定程序，维护自身合法权益。同时，也需注重证据的收集与保存，以便在法律程序中得到有力支持。如果甲方坚持扣款且乙方不同意，那么通过法律途径解决纠纷将是必要的选择。