在工程款有合同协议、已结算且支付，但未取得发票的情况下，土增清算时能否扣除需分情况讨论：

1. 从税法原则角度
   • 根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则等相关规定，土地增值税清算时，扣除项目金额应符合真实、合法、有效的原则。发票作为重要的合法凭证，在证明交易真实性、合法性方面具有关键作用。一般情况下，若无法取得合法有效的发票，税务机关可能会对该笔支出是否符合扣除条件产生质疑，从而可能不允许在土增清算时扣除相应工程款。这是因为发票能够清晰地反映交易双方、交易内容、金额等关键信息，是税务机关进行税收征管和审核扣除项目的重要依据。
2. 从特殊情况角度
   • 因对方原因未取得发票：如果是因为对方（如施工单位）的原因，如对方注销、撤销、依法被吊销营业执照、被税务机关认定为非正常户等，导致无法取得发票，纳税人可以凭借以下资料证实支出真实性后，其支出允许税前扣除：
     • 无法取得发票的原因证明材料（如工商注销、机构撤销、列入非正常经营户、破产公告等证明资料）；
     • 相关业务活动的合同或者协议；
     • 采用非现金方式支付的付款凭证；
     • 货物运输的证明资料；
     • 货物入库、出库内部凭证；
     • 企业会计核算记录以及其他资料。
     • 在土增清算中，若能提供上述充分资料证明工程款支出的真实性、合法性，即使未取得发票，也有可能被允许扣除。
   • 历史遗留问题等特殊情形：对于一些历史遗留问题或特殊情况，如因政策调整、不可抗力等因素导致无法及时取得发票，且纳税人能够提供合理的解释和相关证明材料，证明该工程款确实已实际发生且与土地增值税清算项目相关，税务机关在审核时可能会根据实际情况进行综合判断，酌情允许部分或全部扣除。但这种情况需要纳税人积极与税务机关沟通，提供详尽的资料和说明。

建议：在实际操作中，为避免因未取得发票而在土增清算时产生扣除风险，企业应尽量在业务发生时要求对方提供合法有效的发票。如果确实遇到无法取得发票的情况，应及时收集和保存上述相关证明资料，以便在土增清算时向税务机关提供，维护自身的合法权益。若您在土增清算或其他土地增值税相关问题上还有疑问，可直接向我咨询。