结论：协议上写了结算款但有尾活未完成时，是否可以扣除款项需根据具体情况判断，主要取决于协议中的具体约定以及尾活的性质和影响。以下从不同角度进行分析：
协议有明确约定：
- 如果协议中明确规定了结算款的支付条件，包括尾活的完成情况作为支付结算款的前提条件，那么在尾活未完成的情况下，按照协议约定，是可以扣除相应款项的。例如，协议可能规定“在全部工程（包括尾活）验收合格后，支付剩余结算款”，若尾活未完成，则支付条件未成就，发包方有权暂不支付或扣除相应款项。
协议无明确约定但尾活影响整体工程：
- 即使协议中没有明确约定尾活与结算款支付的关系，但如果尾活的未完成严重影响了整体工程的使用功能或价值，从公平原则和诚实信用原则出发，发包方也有权要求扣除部分或全部结算款，以弥补因尾活未完成而造成的损失。不过，这种情况下需要发包方提供充分的证据证明尾活未完成对其造成的实际损失。
尾活不影响整体工程且协议无约定：
- 如果尾活的未完成并不影响整体工程的使用功能或价值，且协议中没有明确约定尾活与结算款支付的关系，那么发包方可能无权直接扣除结算款。因为结算款通常是基于已完成的工作量或工程价值来计算的，尾活的未完成并不改变已完成部分的价值。当然，如果发包方能够证明因尾活未完成而产生了额外的费用或损失，且这些费用或损失应由承包方承担，那么发包方可以在结算款中扣除相应金额。
法律建议：
- 对于发包方：在签订协议时，应明确约定结算款的支付条件，包括尾活的完成情况。如果尾活对整体工程有重要影响，应在协议中明确约定尾活未完成时的处理方式和责任承担。在尾活未完成时，应及时与承包方沟通，并保留好相关证据，以便在需要时维护自己的合法权益。
- 对于承包方：应严格按照协议约定完成尾活，确保整体工程的质量和进度。如果因特殊原因无法按时完成尾活，应及时与发包方沟通并协商解决方案。同时，在签订协议时，也应关注结算款的支付条件和尾活的相关约定，以避免因约定不明而产生的纠纷。
可能法律后果：
- 如果因尾活未完成而产生纠纷，双方可能需要通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。在解决纠纷的过程中，法院或仲裁机构会根据协议约定、实际情况以及相关法律法规进行裁决。因此，双方在签订协议时应尽可能明确约定各项条款，以减少纠纷的发生和解决成本。
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