核心结论：在工程结束时，若甲方仅提供未获乙方签名的扣款清单并要求结算，乙方可通过以下方式维护自身权益并完成结算。

1. 核实扣款清单的合法性与合理性

• 法律依据：根据《民法典》合同编相关规定，合同双方应按照约定全面履行义务。若甲方主张扣款，需证明扣款事项符合合同约定（如质量不合格、工期延误等）或法律规定（如违约金、赔偿损失等）。
• 操作建议：
  • 乙方应要求甲方提供扣款依据的书面材料（如合同条款、检测报告、损失证明等），并核对是否与合同约定一致。
  • 若扣款事项无合同依据或超出约定范围，乙方有权拒绝认可。

2. 拒绝单方面结算，主张协商或第三方介入

• 法律依据：结算需双方确认，单方面扣款不构成有效结算。根据《民法典》第510条，合同未约定或约定不明时，可协议补充；协议不成，按交易习惯或相关条款确定。
• 操作建议：
  • 书面回复甲方，明确拒绝接受无签名的扣款清单，并要求重新协商结算方案。
  • 若协商无果，可提议通过第三方机构（如造价咨询公司、调解委员会）进行审计或调解，确保结算公平。

3. 保留证据，防范法律风险

• 证据清单：
  • 工程合同、补充协议等书面文件；
  • 工程验收报告、质量检测报告等证明工程合格的证据；
  • 甲方扣款清单的送达记录（如邮件、快递单号）；
  • 双方沟通记录（如微信、邮件往来）。
• 操作建议：
  • 所有沟通尽量采用书面形式，避免口头约定；
  • 对关键证据进行公证或留存原件，防止甲方否认。

4. 通过法律途径解决争议

• 适用情形：若甲方坚持扣款且拒绝协商，乙方可向法院提起诉讼或申请仲裁（依合同约定）。
• 操作建议：
  • 起诉前可发送《律师函》督促甲方履行义务；
  • 诉讼中主张甲方扣款行为违约，要求按合同约定结算工程款，并赔偿因拖延结算造成的损失（如利息、违约金）。

5. 预防性措施：未来合同中明确结算条款

• 条款设计建议：
  • 约定结算需双方签字确认，单方面扣款无效；
  • 明确扣款事项、比例及程序（如提前通知、提供证据）；
  • 设定争议解决方式（如仲裁或诉讼）。

总结：乙方应首先核实扣款合法性，拒绝单方面结算，通过协商或第三方介入推动公平结算，并保留证据以防诉讼。若争议无法解决，可依法维权。如有进一步疑问，可直接向我咨询工程合同领域法律问题。