用人单位将法定节假日休假工资包含在计件工资里的做法是不合法的。以下从不同角度为您详细分析：
一、法定节假日工资支付规定
根据《中华人民共和国劳动法》第五十一条，劳动者在法定休假日期间，用人单位应当依法支付工资。这意味着，无论劳动者在法定节假日是否实际工作，用人单位都有义务支付其工资。对于实行计件工资制的劳动者，这一规定同样适用。计件工资只是工资计算的一种方式，并不影响劳动者在法定节假日应享有的工资权益。
二、计件工资制下的法定节假日工资
休假权利：计件工资制的劳动者在法定节假日有权休假，用人单位不得剥夺其休假权利。用人单位应按照国家法定节假日的安排，给计件工资制劳动者提供休假机会，并确保休假期间不安排工作。
工资支付：在法定节假日，即使劳动者没有进行实际的生产或工作，用人单位也应按照其正常工作时间的工资标准支付工资。如果用人单位将法定节假日的工资包含在计件工资里，实际上是在变相扣除劳动者应得的工资，这是违法的。
加班工资：若用人单位因生产经营需要，在法定节假日安排计件工资制劳动者加班，必须依法支付加班工资。加班工资的计算依据为《劳动法》第四十四条第三项规定，即法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。对于计件工资制，加班工资的基数一般按照劳动者在法定工作时间内提供正常劳动应得的计件工资确定，但不得低于当地规定的最低工资标准。
三、用人单位违法行为的后果
如果用人单位违反法律规定，在法定节假日扣除劳动者工资或将法定节假日工资包含在计件工资里，劳动者有权向劳动行政部门投诉。劳动行政部门将责令用人单位限期支付劳动报酬或加班费，并可能对其处以罚款等行政处罚。此外，劳动者还可以选择依法申请调解、仲裁或提起诉讼，以维护自己的合法权益。
四、建议与措施
与用人单位协商：作为首选方式，您可以与用人单位进行沟通，明确指出法律规定并要求纠正不当行为，确保工资得到足额支付。
向劳动监察部门投诉：若协商无果，您可以向当地劳动监察大队提出投诉。劳动监察部门具备对用人单位违法行为进行查处的权力，并可责令其改正及补发工资。
申请劳动仲裁或提起诉讼：在必要时，您还可向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或通过司法途径提起诉讼，要求用人单位不仅支付被扣工资，还可能获得相应的赔偿金。
总结来看，用人单位将法定节假日休假工资包含在计件工资里的做法是不合法的。作为劳动者，您应充分了解并维护自己的合法权益。如果遇到类似问题，建议及时与用人单位沟通或寻求法律援助。如果您还有其他关于劳动工伤（工资福利）方面的问题，欢迎直接向我咨询。