结论：市场监督管理局是否管理个体门店签合同与盖章单位不一致且无关联的情况，需视具体情形而定，但通常该部门不直接管理此类合同纠纷本身，而是可能对涉及虚假宣传、欺诈等违法行为进行查处。
一、市场监督管理局的职责范围
市场监督管理局主要负责市场监管、行政执法等工作，其职责范围广泛，包括但不限于对市场主体的登记注册、市场秩序的维护、消费者权益的保护以及对违法行为的查处等。然而，就个体门店签合同与盖章单位不一致且无关联这一具体情形而言，市场监督管理局通常不直接管理合同纠纷本身。
二、合同纠纷的解决途径
协商解决：
- 双方可以首先尝试通过协商的方式解决纠纷，达成一致意见后，可以签订补充协议或修改原合同，以明确双方的权利和义务。
调解或仲裁：
- 如果协商无果，双方可以考虑通过调解或仲裁的方式解决纠纷。调解可以由第三方机构或个人进行，帮助双方达成和解；仲裁则是一种更为正式的纠纷解决方式，需要双方同意并遵守仲裁规则。
诉讼解决：
- 如果调解或仲裁也无法解决纠纷，双方可以向人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院将依法审理案件，并作出判决。
三、市场监督管理局可能介入的情形
尽管市场监督管理局不直接管理合同纠纷本身，但在某些特定情形下，该部门可能会介入调查并采取相应的行政措施。例如：
虚假宣传或欺诈行为：
- 如果个体门店在签合同过程中存在虚假宣传或欺诈行为，如冒用其他单位的名义签订合同，市场监督管理局可能会对此进行查处，并依法给予行政处罚。
无照经营或超范围经营：
- 如果个体门店未取得相应的营业执照或超范围经营，市场监督管理局也有权对其进行查处，并要求其限期整改或停业整顿。
四、法律建议
审查合同主体：
- 在签订合同时，务必仔细审查合同主体的身份和资格，确保其具有签订合同的合法性和有效性。
明确合同条款：
- 合同中应明确双方的权利和义务，以及违约责任和争议解决方式等条款，以避免因合同条款不明确而引发的纠纷。
及时寻求法律帮助：
- 如果在合同签订或履行过程中遇到问题或纠纷，应及时寻求专业的法律帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
如有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。