在混同用工的情况下，先确认劳动关系再主张加班费，一般并不会超过时效，但具体需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、劳动关系确认与加班费主张的时效关系
劳动关系确认的时效性：
- 确认劳动关系本身并不直接受时效限制。当劳动者与用人单位对是否存在劳动关系存在争议时，劳动者可以随时向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，确认双方是否存在劳动关系。这一过程主要是为了明确双方的权利义务基础，并不涉及具体的权益主张时效问题。
加班费主张的时效性：
- 根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条：“劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。”对于加班费的主张，劳动者应在知道或应当知道其加班费被侵害之日起一年内提出。但这里的关键是，这一时效的起算点并非从劳动关系确认之时开始，而是从劳动者知道或应当知道其加班费被侵害之时开始。
二、混同用工下的特殊情况
在混同用工的情况下，即劳动者同时为两个或两个以上用人单位提供劳动，且这些用人单位之间存在关联关系或管理上的混同，劳动关系的确认可能更为复杂。但即便如此，加班费主张的时效计算原则仍然适用。即，劳动者应在知道或应当知道其加班费被侵害之日起一年内提出主张，而不论此时劳动关系是否已经得到确认。
三、实际操作中的建议
及时主张权益：
- 无论劳动关系是否已经确认，劳动者一旦发现自己的加班费被侵害，应尽快向用人单位提出异议，并保留相关证据。如果用人单位拒绝支付加班费，劳动者应在知道或应当知道其权利被侵害之日起一年内，向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
劳动关系确认与加班费主张并行：
- 在实际操作中，劳动者可以同时进行劳动关系的确认和加班费的主张。即，在申请仲裁确认劳动关系的同时，也可以提出加班费的主张。这样不仅可以节省时间，还可以避免因劳动关系确认时间过长而导致加班费主张超过时效的风险。
咨询专业律师：
- 由于混同用工下的劳动关系确认和加班费主张可能涉及复杂的法律问题和证据收集，建议劳动者在遇到此类问题时，及时咨询专业律师。律师可以根据具体情况，为劳动者提供针对性的法律建议和帮助。
总结来说，在混同用工的情况下，先确认劳动关系再主张加班费，并不会因为劳动关系的确认过程而耽误加班费主张的时效。但劳动者仍需注意及时主张自己的权益，并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。