在老人同时签订了房屋归女儿的协议和遗嘱将房屋给儿子的情况下，哪份文件有效，需根据具体情况分析：
协议与遗嘱的性质及效力：
- 协议：如果老人在世时与女儿签订的协议是合法有效的，比如经过了公证或者有充分的证据证明这是老人的真实意愿，并且协议内容不违反法律规定，那么这份协议在老人去世前对双方是有约束力的。但需要注意的是，单纯的协议并不能直接决定房产的归属，除非该协议已经办理了房产过户手续。如果未办理过户，在老人去世后，房产仍属于老人的遗产。
- 遗嘱：遗嘱是老人对其去世后财产分配的意愿表达。如果遗嘱是合法有效的，即老人具有完全民事行为能力，遗嘱内容真实，且符合法定形式（如自书遗嘱、代书遗嘱、录音遗嘱、口头遗嘱或公证遗嘱等），那么遗嘱在老人去世后具有法律效力，房产应按照遗嘱进行分配。
协议与遗嘱冲突时的处理原则：
- 时间优先原则：一般来说，如果老人先签订了协议，后来又立下了遗嘱，且遗嘱内容与协议相冲突，那么应以最后一份合法有效的遗嘱为准。因为遗嘱是老人对其去世后财产分配的最终意愿表达。
- 公证遗嘱的优先性：如果遗嘱经过了公证，而协议没有，那么公证遗嘱的效力通常高于其他形式的遗嘱和协议。但这一原则也受到时间因素的影响，即如果后来有新的公证遗嘱，则以最后的公证遗嘱为准。
- 实际履行情况：如果协议已经实际履行（如房产已经过户给女儿），那么即使后来老人立下了将房产给儿子的遗嘱，也可能因为房产已经不属于老人而无法执行。
具体建议：
- 审查协议与遗嘱的合法性：首先需要确认协议和遗嘱是否都是合法有效的。这包括确认老人的民事行为能力、遗嘱或协议的形式是否符合法律规定、内容是否真实等。
- 考虑实际履行情况：如果房产已经按照协议过户给女儿，那么儿子可能无法再通过遗嘱获得房产。
- 协商或诉讼解决：如果协议和遗嘱都存在且有效，但内容相冲突，且房产尚未过户，那么女儿和儿子可以通过协商解决争议。如果协商不成，可以依法向人民法院提起诉讼，由法院根据具体情况判决房产的归属。
总结来说，哪份文件有效取决于多种因素，包括协议与遗嘱的合法性、时间顺序、公证情况以及实际履行情况等。因此，在处理此类纠纷时，建议咨询专业律师，以便更准确地判断和处理。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的建议，可以直接向我咨询。