结论是：即使拖欠工资并非恶意，劳动者以拖欠工资为由离职，仍然可以主张经济补偿金。下面我将从法律角度详细解释这一问题。
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条的规定，用人单位未及时足额支付劳动报酬的，劳动者可以解除劳动合同。同时，根据该法第四十六条的规定，劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿。这意味着，无论拖欠工资是否出于恶意，只要用人单位存在未及时足额支付劳动报酬的行为，劳动者就有权解除劳动合同并主张经济补偿。
二、经济补偿的计算方式
经济补偿的计算方式依据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，具体为：
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
- 如果劳动者的月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付年限最高不超过十二年。
- 这里所称的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
三、实际操作中的注意事项
证明拖欠工资事实：
- 劳动者必须提供确凿的证据来证明用人单位存在拖欠工资的行为。这些证据可以包括但不限于工资条、银行工资流水记录、考勤记录、与雇主的聊天记录等。
- 证据应能清晰展示用人单位未按照劳动合同约定或法律规定的时间及时足额支付工资。
辞职通知要明确且合法：
- 劳动者应以书面形式向用人单位提出解除劳动合同，并在通知中明确指出解除合同的原因是用人单位拖欠工资。
- 辞职信或解除劳动合同通知书应确保用人单位能够收到，并保留好发送和接收的记录。
尝试解决问题：
- 在直接提出辞职之前，劳动者可以尝试与雇主进行沟通，寻求解决拖欠工资问题的途径。
- 如果沟通无果，劳动者可以进一步提出书面申诉或寻求法律援助，以确保自身权益得到保护。
四、特殊情况的考虑
- 在实践中，可能会存在一些特殊情况影响经济补偿金的主张，如双方就工资支付时间另有合法约定等。但这种情况较为少见，且需要具体的证据支持。
- 如果遇到此类复杂问题，或者对经济补偿金的计算、主张流程等有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更具体的法律建议和帮助。
综上所述，即使拖欠工资并非恶意，劳动者以拖欠工资为由离职，仍然可以主张经济补偿金。但劳动者需确保遵循法定程序，提供充分证据，并在必要时寻求专业法律帮助。如果你正面临类似的情况，或者对经济补偿金的计算、主张流程等有疑问，可以直接向我咨询。