针对已取得省政府土地批文但被企业非法建设加工厂房的情况，可依法通过以下途径查处：

1. 行政查处程序

   • 调查取证：由自然资源部门（原国土部门）或综合执法部门对涉案土地进行现场勘查，核实土地用途、规划许可及建设行为是否符合批文要求。重点核查：
     
     • 企业是否取得《建设工程规划许可证》；
       
     • 建设内容是否超出批文规定的用地范围或改变土地用途（如工业用地用于商业开发）；
       
     • 是否存在未批先建、少批多建等违法行为。
       
   • 责令整改：根据《城乡规划法》第六十四条，对未取得规划许可的建设行为，责令停止建设；尚可采取改正措施消除影响的，限期改正，处建设工程造价5%-10%的罚款。
     
   • 强制拆除：若无法改正（如占用永久基本农田、生态红线等），依据《土地管理法》第七十七条，由县级以上政府自然资源主管部门责令退还土地，限期拆除新建建筑物，恢复土地原状。

2. 刑事追责路径

   • 非法占用农用地罪：若涉案土地为农用地（尤其是耕地），且企业非法占用面积达到刑事立案标准（如基本农田5亩以上、其他耕地10亩以上），可依据《刑法》第三百四十二条，向公安机关报案，追究企业直接责任人员刑事责任，处五年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
     
   • 证据固定：需通过专业机构鉴定土地性质变化（如土壤层破坏程度），并留存现场照片、施工合同、资金往来等证据。

3. 民事赔偿救济

   • 土地所有权人维权：若土地为集体所有，集体经济组织可依据《民法典》第二百三十八条，以企业侵权为由提起民事诉讼，要求停止侵害、排除妨碍、赔偿损失（如土地复垦费用、预期收益损失等）。
     
   • 合同相对方追责：若企业通过虚假材料骗取批文或与政府签订无效合同，相关方可依据《民法典》第一百五十四条，主张合同无效并追究缔约过失责任。

4. 监督与救济渠道

   • 行政复议：若对自然资源部门查处结果不服，企业或利害关系人可在60日内向上一级政府申请复议。
     
   • 行政诉讼：对复议结果或原行政行为不服的，可在6个月内向法院提起行政诉讼，要求撤销违法行政决定。
     
   • 纪检监察举报：若发现公职人员与企业勾结、违规审批，可向纪检监察机关实名举报，追究相关人员渎职责任。

操作建议：

• 优先通过12345政务服务热线或当地自然资源局官网举报平台提交线索，要求书面回复处理进度；
  
• 委托律师同步收集证据（如无人机航拍、施工日志、资金流水），形成完整证据链；
  
• 若涉及重大利益，可申请政府信息公开，调取土地批文、规划图纸等原始文件，核对企业建设是否越界。
  

法律依据：

• 《土地管理法》第七十七条、第八十二条；
  
• 《城乡规划法》第六十四条、第六十八条；
  
• 《刑法》第三百四十二条；
  
• 《民法典》第二百三十八条、第一百五十四条。
  

如有具体案情（如土地性质、建设规模、行政机关处理情况等），可进一步提供细节，我将协助制定针对性方案。