侄子已经有不动产证后与姑姑签的三层房屋使用长期协议，在符合法律规定和双方真实意愿的情况下，是具有法律效力的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、协议的法律效力基础

1. 合同自由原则：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事主体从事民事活动，应当遵循自愿原则，按照自己的意思设立、变更、终止民事法律关系。因此，侄子与姑姑作为平等的民事主体，有权自愿签订房屋使用长期协议。

2. 协议内容合法性：

   • 协议内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。如果协议内容合法，且双方意思表示真实，那么该协议就具有法律效力。

二、协议效力的具体分析

1. 不动产证的影响：

   • 侄子已经取得不动产证，说明他对该房屋拥有合法的所有权或使用权。在此情况下，他与姑姑签订的房屋使用长期协议，实际上是对其房屋使用权的一种处分或安排。只要这种处分或安排不违反法律规定，就是有效的。

2. 协议形式与内容：

   • 协议应当采用书面形式，明确双方的权利和义务，包括房屋的使用期限、使用方式、维修责任等。如果协议内容明确、具体，且双方签字盖章，那么该协议就具有更强的法律效力。

3. 双方真实意愿：

   • 协议必须是双方真实意愿的表示，不存在欺诈、胁迫等情形。如果一方在签订协议时存在欺诈、胁迫等行为，导致另一方在违背真实意愿的情况下签订协议，那么该协议可能被认定为无效。

三、可能存在的风险及防范

1. 协议履行风险：

   • 在协议履行过程中，可能会出现一方不履行或不完全履行协议义务的情况。为了避免这种风险，双方可以在协议中约定违约责任和争议解决方式，如仲裁或诉讼等。

2. 房屋权属变更风险：

   • 如果在协议履行期间，房屋的权属发生变更（如侄子将房屋出售给第三方），那么可能会影响协议的履行。为了避免这种风险，双方可以在协议中约定房屋权属变更时的处理方式，如提前终止协议或协商变更协议内容等。

四、建议与措施

1. 咨询专业律师：

   • 在签订协议前，建议双方咨询专业律师，对协议内容进行法律审查，确保协议内容合法、有效。

2. 完善协议条款：

   • 双方应当根据实际情况，完善协议条款，明确双方的权利和义务，以及违约责任和争议解决方式等。

3. 保留相关证据：

   • 在协议履行过程中，双方应当保留相关证据，如付款凭证、维修记录等，以便在发生争议时能够证明自己的主张。

总结来看，侄子已经有不动产证后与姑姑签的三层房屋使用长期协议，在符合法律规定和双方真实意愿的情况下，是具有法律效力的。但为了避免可能存在的风险，双方应当咨询专业律师、完善协议条款并保留相关证据。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。