结论前置：针对您提出的问题，侄子代替叔父签了房屋买卖协议且不配合办理房产证，起诉是有用的，但具体效果和后续处理需根据实际情况来判断。以下是从不同角度的详细分析：

1. 代理行为的效力：

   • 有效代理：如果侄子在代替叔父签订房屋买卖协议时，有叔父的明确授权（如书面委托书、口头授权且事后得到叔父的追认等），那么该代理行为是有效的。此时，房屋买卖协议对叔父具有法律约束力，叔父（或其合法代理人）应当履行协议中的义务，包括配合办理房产证。若侄子（作为代理人）不配合，叔父可以基于协议要求侄子履行义务，或者叔父自己履行义务后向侄子追偿因不配合造成的损失。但在此情况下，直接起诉侄子要求其配合办理房产证可能不是最直接的方式，因为协议的相对方是叔父和买方，叔父应先履行对买方的义务。
   • 无效代理：如果侄子在代替叔父签订协议时没有叔父的授权，或者授权不明确、已过期、被撤销等，那么该代理行为是无效的。此时，房屋买卖协议对叔父不具有法律约束力。叔父可以拒绝履行协议中的义务，包括不配合办理房产证。若买方因此起诉叔父要求履行协议，叔父可以以代理行为无效为由进行抗辩。同时，叔父也可以起诉侄子，要求其承担因无效代理行为给叔父造成的损失。

2. 起诉的对象和诉求：

   • 若代理行为有效：叔父（或买方作为协议的另一方）可以起诉叔父（若叔父不履行义务），但更合理的做法是叔父自己履行义务后，根据具体情况决定是否向侄子追偿。若直接起诉侄子要求其配合办理房产证，可能因协议相对性原则而面临法律障碍。
   • 若代理行为无效：叔父可以起诉侄子，要求其承担因无效代理行为给叔父造成的损失，如买方因此解除合同导致的定金损失、诉讼费用等。同时，叔父也可以向买方说明情况，协商解除合同或寻求其他解决方案。

3. 法律后果和实际操作建议：

   • 法律后果：无论代理行为是否有效，不配合办理房产证都可能引发法律纠纷和诉讼。若代理行为无效且叔父因此遭受损失，侄子可能需要承担赔偿责任。
   • 实际操作建议：
     • 收集证据：叔父应尽快收集与代理行为相关的证据，如授权书、聊天记录、证人证言等，以证明代理行为是否有效。
     • 协商解决：在起诉前，叔父可以尝试与侄子和买方进行协商，寻求和解或达成其他解决方案。
     • 咨询律师：由于房屋买卖和代理行为涉及复杂的法律问题，叔父应咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。

总结与进一步思考：起诉是否有用取决于代理行为的效力以及具体情况和证据。在处理此类问题时，建议叔父先收集证据、咨询律师，并根据律师的建议选择合适的解决方案。若您在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。