结论前置：关于您提到的房子被小叔子过户后，通过协商写协议是否有法律效力的问题，这主要取决于协议的具体内容、签订过程以及各方的真实意愿。如果协议内容合法、双方意思表示真实且不存在欺诈、胁迫等情形，该协议通常是具有法律效力的。以下从几个方面为您详细分析：
一、协议的法律效力基础
意思表示真实：协议双方必须基于真实的意思表示签订协议，不存在欺诈、胁迫等情形。如果小叔子是通过非法手段（如伪造文件、冒充签名等）过户房屋，并在之后胁迫您签订协议，那么该协议可能因意思表示不真实而被认定为无效。
内容合法：协议内容必须符合法律法规的规定，不得违反公序良俗。例如，协议中不能约定将房屋无偿或以极不合理的价格转让给小叔子，如果这样的约定明显损害了您的利益，且没有合理的解释或补偿，那么该部分内容可能因违法而无效。
形式要件：虽然口头协议在某些情况下也具有法律效力，但为了确保协议的明确性和可执行性，建议采用书面形式签订协议，并由双方签字或盖章确认。
二、协议可能涉及的法律问题
房屋产权归属：如果协议中明确约定了房屋的产权归属，且该约定符合上述法律效力基础，那么该约定通常具有法律效力。但需要注意的是，如果房屋已经过户到小叔子名下，且过户行为本身合法（如基于有效的买卖合同、赠与合同等），那么仅凭一份协议可能难以直接改变房屋的产权归属。此时，您可能需要通过法律途径（如诉讼）来确认协议的效力或要求小叔子履行协议。
违约责任：协议中可以约定违约责任，以约束双方履行协议。如果小叔子未按照协议约定履行义务，您可以依据协议中的违约责任条款要求其承担相应的法律责任。
三、建议与注意事项
咨询专业律师：在签订协议前，建议您咨询专业律师，对协议内容进行审查，确保协议内容合法、有效且符合您的利益。虽然我作为律师可以为您提供一定的法律建议，但具体协议的起草和审查仍需要更详细的信息和专业的法律判断。
保留证据：在签订协议过程中，注意保留相关证据，如协商记录、转账记录等，以备不时之需。这些证据在后续可能发生的法律纠纷中可能起到关键作用。
及时办理过户手续：如果协议中约定了房屋产权的变更，建议在协议签订后及时办理过户手续，以确保房屋产权的明确和稳定。过户手续是确认房屋产权归属的重要法律程序，不可忽视。
最后，如果您在签订协议或处理房屋产权问题过程中遇到任何法律问题或困惑，都可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况和需求，为您提供专业、全面的法律建议和帮助。