结论：伯父有自己孩子的情况下，侄子和伯父签署的房屋转赠协议是否有效，需根据具体情况判断，主要取决于协议内容是否合法、双方意思表示是否真实以及是否符合相关法律规定。以下从不同角度进行分析：
一、协议内容合法性
协议内容需合法：房屋转赠协议作为民事法律行为，其内容必须合法，不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗。如果协议内容合法，且双方意思表示真实，那么该协议在形式上就是有效的。
无欺诈、胁迫等情形：协议的签订应当基于双方自愿、平等、公平的原则，不存在欺诈、胁迫等情形。如果侄子通过欺诈、胁迫等手段迫使伯父签订房屋转赠协议，那么该协议可能因违反自愿原则而被认定为无效。
二、双方意思表示真实性
伯父的真实意愿：伯父作为房屋的所有权人，其签订房屋转赠协议的意思表示必须真实。如果伯父在签订协议时存在误解、受欺骗或受胁迫等情形，导致其意思表示不真实，那么该协议可能因缺乏真实意思表示而被认定为无效。
侄子的接受意愿：侄子作为房屋的受赠人，其接受房屋转赠的意思表示也必须真实。如果侄子在接受房屋转赠时存在误解或受欺骗等情形，导致其意思表示不真实，虽然这通常不影响协议的效力（因为侄子可以拒绝接受赠与），但在某些特殊情况下（如侄子因此遭受了损失），可能会引发其他法律纠纷。
三、符合相关法律规定
赠与合同的成立与生效：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，赠与合同是赠与人将自己的财产无偿给予受赠人，受赠人表示接受赠与的合同。赠与合同自赠与人表示赠与、受赠人表示接受时成立。如果房屋转赠协议符合赠与合同的成立要件，且没有违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗，那么该协议就是有效的。
房屋过户手续：虽然房屋转赠协议的签订并不直接导致房屋所有权的转移，但根据《中华人民共和国民法典》的规定，不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力。因此，如果侄子希望获得房屋的所有权，还需要与伯父共同办理房屋过户手续。如果未办理过户手续，虽然不影响协议的效力，但侄子可能无法实际获得房屋的所有权。
四、特殊情况考虑
伯父的民事行为能力：如果伯父在签订房屋转赠协议时缺乏民事行为能力（如患有精神疾病等），那么该协议可能因缺乏民事行为能力而被认定为无效。
房屋共有人意见：如果房屋是伯父与他人共有的财产，那么伯父在签订房屋转赠协议时需要取得其他共有人的同意。如果未经其他共有人同意而擅自签订协议，那么该协议可能因侵犯其他共有人的权益而被认定为无效或部分无效。
建议：在签订房屋转赠协议前，建议双方充分了解相关法律法规和协议内容，确保协议内容合法、双方意思表示真实，并考虑办理房屋过户手续以保障侄子的权益。如果存在任何疑问或不确定之处，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。