针对您提出的“员工入职后才发现入职前已怀孕怎么办”这一问题，我会从法律、企业应对策略以及员工权益保护三个维度进行详细解答。
一、法律层面分析
《劳动合同法》相关规定：
- 根据《劳动合同法》第39条，如果劳动者以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使用人单位在违背真实意思的情况下订立劳动合同，用人单位可以解除劳动合同。但这一条款主要针对的是与劳动合同内容直接相关的信息，如学历、工作经验等，而非个人隐私如婚姻状况或怀孕情况。
- 同时，《劳动合同法》第四十二条明确规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，除非女职工存在重大过错，否则企业不能因怀孕而解除劳动合同。
《女职工劳动保护特别规定》：
- 该规定明确指出，女职工生育享受98天产假，其中产前可以休假15天。用人单位不得因女职工怀孕、生育、哺乳降低其工资、予以辞退、与其解除劳动或者聘用合同。
二、企业应对策略
提前告知岗位性质与劳动强度：
- 在招聘过程中，企业应明确告知应聘者岗位的性质、劳动强度以及是否适合孕妇从事。如果岗位性质上不适合怀孕人员展开工作，且企业已明确告知，那么女性应聘者应如实说明是否怀孕。
入职前体检：
- 企业可以在员工入职前进行必要的体检，但需注意不能违反法律关于录用女职工的强制规定，即不能因怀孕而拒绝录用。
生育保险规避风险：
- 企业应按照规定参加生育保险，这样女职工产假期间的生育津贴将由生育保险基金支付，从而减轻企业的负担。
合法合规处理：
- 如果发现员工隐孕入职，且岗位性质上不适合孕妇从事，企业可以依据《劳动合同法》第39条，在员工存在欺诈行为的情况下解除劳动合同。但需注意，这一条款的适用需严格符合法律条件。
三、员工权益保护
个人隐私保护：
- 女性应聘者是否怀孕属于个人隐私范围，应聘者有权不予提供或不予告知相关信息。企业不能因此要求应聘者必须透露怀孕情况。
合法权益保障：
- 女职工在孕期、产期、哺乳期享有特殊的法律保护，企业不得因此降低其工资、予以辞退或解除劳动合同。
四、综合建议
- 企业角度：企业应在招聘过程中加强沟通，明确岗位性质与劳动强度，同时依法参加生育保险以规避风险。对于隐孕入职的员工，企业应依法合规处理，避免侵犯员工权益。
- 员工角度：员工应如实告知与劳动合同直接相关的信息，但对于个人隐私如怀孕情况，有权选择不透露。同时，员工应了解自己的合法权益，在孕期、产期、哺乳期享受应有的法律保护。
综上所述，员工入职后才发现入职前已怀孕的情况，需要企业和员工双方依法合规处理。企业应尊重员工的个人隐私和合法权益，同时采取合法合规的措施来规避风险；员工也应了解自己的法律权益，并在必要时寻求法律帮助。