当医院（作为用人单位）倒闭时，对于处于怀孕期间的孕妇员工，其权益会受到法律的特别保护。以下是针对这一情况的详细解答：
首先，根据相关法律法规，如《关于印发<江苏省劳动仲裁案件研讨会纪要>的通知》以及《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位解散或被依法撤销是终止劳动合同的法定情形。这意味着，当医院倒闭时，其与孕妇员工的劳动合同也将随之终止。
然而，为了保护女职工的合法权益，特别是处于“三期”（孕期、产期、哺乳期）的女职工，法律要求用人单位在终止劳动合同时，必须支付相应的经济补偿金。这包括：
经济补偿金：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，那么经济补偿的标准将按职工月平均工资三倍的数额支付，且支付经济补偿的年限最高不超过十二年。这里的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
三期内的生活费、产假工资、生育费用：除了经济补偿金外，用人单位还应一次性支付女职工在三期内的生活费、产假工资以及生育费用。其中，三期内的生活费不低于当地最低工资标准的百分之八十。
在实际操作中，孕妇员工应首先与医院（或其清算组）进行沟通，了解具体的补偿方案和支付时间。如果医院未能按照法律规定支付相应的补偿，孕妇员工可以通过法律途径（如劳动仲裁或诉讼）来维护自己的合法权益。
总的来说，当医院倒闭时，孕妇员工有权获得经济补偿金以及三期内的生活费、产假工资和生育费用等补偿。这些补偿旨在保护女职工在特殊时期的合法权益，确保她们能够顺利度过这一阶段。