女员工怀孕了但门店关闭了，这是一个涉及劳动权益保障的复杂问题。以下是我根据多年法律实务经验，为您提供的详细解答：

1. 明确劳动关系与责任主体：

   • 首先，需要确认女员工与门店之间的劳动关系是否仍然存续，以及门店关闭的具体原因和性质（如是经济性裁员、歇业还是其他）。
   • 若门店属于有限责任公司或股份有限公司的分支机构，且已办理工商注册登记，那么它具备用工主体资格，应独立承担劳动法律责任。若门店未办理工商注册登记，则应由设立它的公司承担劳动法律责任。

2. 保障女员工孕期权益：

   • 根据《劳动法》和《女职工劳动保护特别规定》，女员工在孕期享有特殊的劳动保护，包括不得随意解除劳动合同、提供适当的劳动条件等。
   • 门店关闭若导致劳动合同无法继续履行，用人单位应提前与女员工协商，并依法给予经济补偿或安排其他合适的工作岗位。

3. 处理门店关闭后的劳动关系：

   • 若门店因经济性原因关闭，且女员工同意解除劳动合同，用人单位应支付经济补偿金，计算方式通常依据女员工在门店的工作年限和月工资标准。
   • 若女员工不同意解除劳动合同，且门店关闭并非用人单位的过错（如因租赁合同到期、政府拆迁等），用人单位应尽力为女员工提供其他工作岗位或协商解决方案。
   • 若门店关闭涉及违法解散或破产，女员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，维护自己的合法权益。

4. 特别注意事项：

   • 在处理女员工孕期权益时，用人单位应特别注意遵守相关法律法规，避免侵犯女员工的合法权益。
   • 女员工也应了解自己的权益和义务，积极与用人单位沟通协商，寻求合理的解决方案。

综上所述，门店关闭并不意味着可以忽视女员工的孕期权益。用人单位应依法处理劳动关系，确保女员工的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。