事业单位编制和工资关系不在一起，并不一定违规，但需视具体情况和单位内部管理规定而定。以下从不同角度对此问题进行详细分析：

一、编制与工资关系的基本概念

1. 编制：在事业单位中，编制通常指的是单位的人员编制，即单位根据工作需要和人员配备标准，经上级主管部门批准后确定的人员数量和结构。编制是事业单位管理的基础，它决定了单位可以聘用多少人员以及这些人员的岗位类别和级别。

2. 工资关系：工资关系则是指员工与单位之间关于工资支付、福利待遇等方面的法律关系。它涉及到员工的工资标准、发放方式、调整机制等。

二、编制与工资关系不在一起的可能情况

1. 单位内部管理调整：事业单位可能因内部管理需要，如机构改革、岗位调整等，导致部分员工的编制和工资关系暂时不在一起。这种情况下，只要单位能够确保员工的工资和福利待遇不受影响，且符合相关法律法规和单位内部管理规定，就不构成违规。

2. 跨单位调动或借用：员工可能因工作需要被跨单位调动或借用，导致其编制在原单位，而工资关系在新单位。这种情况下，只要双方单位能够协商一致，并确保员工的工资和福利待遇得到妥善安排，就不构成违规。但需注意，这种安排应符合相关法律法规和人事管理规定。

3. 历史遗留问题：在一些老旧的事业单位中，可能存在因历史原因导致的编制和工资关系不在一起的情况。对于这种情况，单位应积极采取措施进行整改，确保员工的合法权益得到保障。

三、可能涉及的违规情况

1. 违反法律法规：如果事业单位在编制和工资关系管理上违反了相关法律法规，如未按照规定程序进行编制调整、未按时足额支付员工工资等，就可能构成违规。

2. 损害员工权益：如果事业单位因编制和工资关系不在一起而损害了员工的合法权益，如降低员工工资标准、拖欠员工工资等，就可能构成违规。这种情况下，员工有权向相关部门投诉或寻求法律援助。

四、法律建议

1. 核查单位规定：员工应首先核查所在事业单位的内部管理规定，了解编制和工资关系管理的具体要求和程序。

2. 与单位沟通：如果员工发现自己的编制和工资关系不在一起，且可能涉及违规情况，应及时与单位人事部门或相关领导进行沟通，了解原因并寻求解决方案。

3. 寻求法律援助：如果员工认为自己的合法权益受到了损害，且无法通过与单位沟通解决问题，可以寻求法律援助或向相关部门投诉。

事业单位编制和工资关系不在一起并不一定违规，但需视具体情况和单位内部管理规定而定。员工应了解自己的权益和单位的规定，及时与单位沟通并寻求解决方案。如有需要，可以直接向我咨询相关法律问题。