项目未办理规划许可和施工许可擅自开工，并不直接适用“一行为不二罚”原则中的禁止重复罚款规定，但需根据具体情况判断是否违反该原则的其他方面。以下是对此问题的详细分析：

一、关于“一行为不二罚”原则的理解

“一行为不二罚”原则，即“一事不再罚”原则，是行政处罚中的一个重要原则，它指的是对当事人的同一个违法行为，不得给予两次以上罚款的行政处罚。若同一个违法行为违反多个法律规范且均应给予罚款处罚，则按照罚款数额高的规定处罚。这一原则主要旨在防止对同一违法行为的重复处罚，保护当事人的合法权益。

二、项目未办理规划许可和施工许可擅自开工的性质

1. 两个独立违法行为：未取得建设工程规划许可证进行建设和未取得建筑工程施工许可证擅自施工，通常被视为两个独立的违法行为。前者违反了《中华人民共和国城乡规划法》，后者违反了《中华人民共和国建筑法》。这两个行为虽然可能发生在同一项目中，但它们是基于不同的违法故意、在不同的时间和阶段实施的，且违反了不同的法律规范。
2. 不同时间、阶段实施：取得建设工程规划许可证是项目前期规划许可阶段的重要环节，而取得施工许可证则是项目进入实施阶段的标志。因此，这两个行为在时间上和实施阶段上都是分开的。

三、是否适用“一行为不二罚”原则

1. 不适用禁止重复罚款规定：由于未办理规划许可和施工许可擅自开工是两个独立的违法行为，且违反了不同的法律规范，因此并不直接适用“一行为不二罚”原则中关于禁止对同一违法行为给予两次以上罚款处罚的规定。也就是说，如果两个行为分别由不同的行政机关管辖，且这两个行政机关都有权对各自的违法行为进行罚款，那么它们可以分别进行处罚，而不违反“一行为不二罚”原则。
2. 需注意协调与沟通：然而，在实际操作中，如果两个或多个行政机关对同一项目的不同违法行为都有管辖权，并且都打算进行罚款处罚，那么这些行政机关之间需要加强协调与沟通，以避免出现对当事人造成不必要负担的情况。例如，它们可以协商确定由哪个行政机关进行处罚，或者按照罚款数额高的规定进行处罚等。

四、法律建议

1. 及时补办手续：对于未办理规划许可和施工许可擅自开工的项目，建议建设单位及时补办相关手续，以避免可能的法律风险和处罚。
2. 加强与行政机关的沟通：在补办手续或接受处罚的过程中，建设单位应加强与相关行政机关的沟通与协调，确保处理过程的顺利进行。
3. 咨询专业律师：如果建设单位对相关法律问题存在疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和建议。

综上所述，项目未办理规划许可和施工许可擅自开工并不直接适用“一行为不二罚”原则中的禁止重复罚款规定，但需根据具体情况判断是否违反该原则的其他方面，并采取相应的法律措施。