要证明自己作为不定时工时制员工的工作时间超过了每周40小时，可以从以下几个方面来收集和整理证据，以确保你的主张有充分依据：
一、明确法定工时标准作为基准
首先，需要了解并明确我国法律对于标准工时制的规定，即每日工作时间不超过8小时，每周工作时间不超过40小时。虽然不定时工时制有其特殊性，但超出这个标准的时间，在合理范围内且经用人单位同意的情况下，应被视为加班。
二、收集直接证据
考勤记录：
- 保留所有可能的打卡记录、签到表等，这些是最直接的证据。如果是电子考勤系统，可以导出包含日期和上下班时间的详细记录。
- 对于纸质考勤卡，拍照留存，确保日期和时间清晰可见。
工作沟通记录：
- 保存非工作时间（如晚上、周末）的工作邮件、即时通讯软件（如微信、QQ）的聊天记录，特别是那些带有时间戳的沟通记录。
- 如果工作涉及项目管理软件（如Jira、Trello），截图显示任务分配和完成的时间，这些也能作为加班的证据。
工作成果文件：
- 保存带有修改时间戳的文件，如Word文档、Excel表格、PDF文件等，这些文件的编辑历史可以证明你在非工作时间进行了工作。
- 对于代码开发等岗位，Git等版本控制系统的提交记录也是有力的证据。
三、补充辅助证据
同事证言：
- 如果有同事可以证明你在非工作时间工作，可以请他们提供书面证言，注明姓名、岗位、联系方式，以增强证据的可信度。但需注意，同事证言可能涉及劳动关系纠纷，需谨慎处理。
监控录像或照片：
- 如果办公区域有安装监控摄像头，可以尝试申请调取加班时段的录像。
- 拍摄办公室夜间亮灯、工位有人工作的照片，并附上拍摄时间，作为加班的间接证据。
健康记录：
- 如果长期超时工作导致身体出现不适，如疲劳、失眠等，相关的体检报告或医疗诊断书也可以间接佐证你的超负荷劳动情况。
四、计算与分析超时工作时间
总工时统计：
- 按周或月汇总你的实际工作时间，与法定工作时间进行对比，明确超出多少小时。
加班时长拆分：
- 将超出的工作时间拆分为延时加班、休息日加班和法定节假日加班，分别计算天数和时长，以便对应不同的加班费率。
五、法律行动准备
向用人单位主张：
- 通过书面形式（如邮件、EMS）向用人单位提出确认加班事实并支付加班费的要求，保留送达凭证。
劳动仲裁或诉讼：
- 如果与用人单位协商未果，可以向当地劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，提交上述收集的证据链。
- 需要注意的是，根据《劳动争议调解仲裁法》，你需要在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内提出仲裁申请。
注意事项
- 证据合法性：确保所有收集的证据都是合法获取的，避免通过非法手段（如私自安装摄像头）获取证据。
- 时效性：部分证据（如考勤记录）可能有时效限制，需及时保存和整理。
- 专业咨询：如果情况复杂或涉及金额较大，建议咨询专业的劳动法律师，以评估证据的效力并制定合适的维权策略。
通过以上步骤，你可以系统地收集和整理证明自己工作时间超时的证据，为维护自己的合法权益提供有力支持。