不可以直接用总公司的账号申请分支机构的综合计算工时工作制。以下从法律和实践两个角度进行详细分析：
法律角度
主体资格问题：
- 根据《劳动法》及相关规定，申请综合计算工时工作制（或称为不定时工作制、综合工时制）的主体应为具有独立法人资格的用人单位。总公司与分支机构在法律上通常是独立的法人实体（除非分支机构为非法人分支机构且无独立用工权），因此，总公司不能直接以自己的名义为分支机构申请综合计算工时工作制。
申请程序：
- 申请综合计算工时工作制通常需要向当地劳动行政部门提交相关材料，包括但不限于企业营业执照、申请报告、职工代表大会或工会意见等。这些材料应反映申请单位的实际情况，包括用工主体、职工人数、工作性质等。若以总公司名义申请，但材料中涉及的是分支机构的情况，可能导致申请被驳回或不予批准。
实践角度
管理便利性：
- 从管理角度来看，分支机构通常有自己的管理团队和人力资源部门，负责处理本机构的用工事宜。若由总公司统一申请综合计算工时工作制，可能增加管理成本和复杂性，不利于分支机构根据自身实际情况灵活调整用工方式。
合规风险：
- 若未经分支机构同意或未按照法定程序申请，总公司擅自以自己的名义为分支机构申请综合计算工时工作制，可能面临合规风险。一旦劳动行政部门发现或职工提出异议，用人单位可能面临行政处罚或劳动争议。
建议
分支机构独立申请：
- 若分支机构具有独立法人资格或虽为非法人分支机构但拥有独立用工权，建议由分支机构自行向当地劳动行政部门申请综合计算工时工作制。
总公司协助与指导：
- 总公司可以为分支机构提供必要的协助和指导，如帮助准备申请材料、提供法律咨询等，但不应直接以自己的名义为分支机构申请。
加强内部沟通与协调：
- 总公司与分支机构之间应加强沟通与协调，确保在用工管理方面保持一致性和合规性。对于涉及分支机构用工方式的重大决策，应充分听取分支机构的意见和建议。
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