人力资源公司是可以申请综合工时的。以下是一些详细的信息和解释，以帮助您更好地理解这一流程：

首先，从提供的参考信息中，我们可以看到北京云职人力资源服务有限公司已经成功申请了企业实行综合计算工时工作制的行政许可。这表明，至少在某些地区，人力资源公司是有资格申请并获得综合工时许可的。

其次，广州市人力资源和社会保障局也发布了关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制审批系统开通运行的通知。这进一步证明了，企业（包括人力资源公司）可以通过线上系统申请实行综合计算工时工作制。虽然该通知是针对广州市的，但它反映了当前政策对于特殊工时管理制度的开放态度，这种态度很可能在其他地区也得到体现。

申请综合工时的具体流程可能因地区而异，但通常包括以下几个步骤：

1. 了解当地政策：首先，您需要了解所在地区关于综合工时制的具体政策和要求。这可以通过咨询当地的人力资源和社会保障局或查阅相关政策文件来实现。

2. 准备申请材料：根据当地政策要求，准备相应的申请材料。这些材料可能包括公司营业执照、法定代表人身份证明、员工名单、工时计算方案等。

3. 提交申请：将准备好的申请材料提交给当地的人力资源和社会保障局。在某些地区，您可能可以通过线上系统提交申请。

4. 等待审批：提交申请后，您需要等待人力资源和社会保障局的审批。审批时间可能因地区而异，但通常会在一段时间内给出答复。

5. 获得许可：如果您的申请获得批准，您将获得企业实行综合计算工时工作制的行政许可。这意味着您的公司可以按照许可的内容实行综合工时制。

建议：

• 在申请前，务必详细了解当地政策，确保您的公司符合申请条件。
• 准备申请材料时，要确保材料的真实性和完整性。
• 如果可能的话，可以咨询专业的人力资源顾问或律师，以获取更专业的建议和指导。

综上所述，人力资源公司是可以申请综合工时的，但具体流程和要求可能因地区而异。希望这些信息能对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。