申请人与分公司存在劳动关系时，一般情况下不可以仅申请总公司为被申请人，但特定情况下可以追加总公司为当事人或被执行人。具体分析如下：

1. 分公司具有营业执照的情况：

   • 如果分公司依法取得了营业执照或者登记证书，那么分公司可以作为独立的用人单位与劳动者订立劳动合同。在这种情况下，劳动者与分公司存在劳动关系，发生劳动争议时，应当以分公司为被申请人。
   • 若仅列总公司为被申请人，仲裁庭可能会认为分公司与总公司是两个独立的用人主体，从而认定劳动者与总公司之间未建立劳动关系。
   • 当然，劳动者也可以选择将分公司和总公司都列为被申请人，或者在法院阶段申请追加总公司为当事人。

2. 分公司未取得营业执照或资不抵债的情况：

   • 如果分公司未取得营业执照，或者虽然取得营业执照但资不抵债，无法独立承担民事责任，那么劳动者在发生劳动争议时，可以列总公司为被申请人。因为分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
   • 在这种情况下，总公司可能需要承担相应的责任。

3. 执行程序中的追加：

   • 如果劳动仲裁申请中只列了分公司为被申请人，裁决生效后，分公司无法清偿生效法律文书确定的债务，劳动者可以申请变更、追加总公司为被执行人。

综上所述，申请人与分公司存在劳动关系时，是否可以申请总公司取决于分公司的具体情况以及劳动争议的具体阶段。在申请劳动仲裁时，建议劳动者根据分公司的营业执照、资产状况等因素，合理确定被申请人，并在必要时咨询专业律师的意见。如果您有进一步的法律问题，可以直接向我提问。