针对您提出的“被挂靠员工怎么处理”的问题，这确实是一个涉及劳动权益保护的重要议题。在工程转包、分包或挂靠等复杂用工关系中，被挂靠员工的权益保护尤为关键。以下是我为您详细梳理的处理方式和相关法律依据：
一、被挂靠员工的权益保护原则
根据最高人民法院发布的《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(二)》以及《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，承包人、被挂靠人需承担用工主体责任。这意味着，在挂靠关系中，如果员工的权益受到侵害，如欠薪、工伤等，被挂靠人（即允许挂靠的单位）和承包人（即实际用工方或转包方）需共同承担责任。
二、具体处理方式
欠薪问题：
- 如果被挂靠员工遭遇欠薪，首先应尝试与实际用工方（如包工头、项目负责人等）协商解决。
- 若协商无果，员工可以向被挂靠单位（即允许挂靠的施工单位）主张工资清偿责任。根据《保障农民工工资支付条例》第三十六条第二款的规定，施工单位允许其他单位和个人以施工单位的名义对外承揽建设工程，导致拖欠农民工工资的，由施工单位清偿。
- 同时，员工也可以向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁，甚至提起诉讼来维护自己的合法权益。
工伤问题：
- 如果被挂靠员工在工作过程中发生工伤，首先应进行工伤认定。
- 认定工伤后，员工有权要求承包人（即实际用工方）或被挂靠人（即允许挂靠的单位）承担工伤保险待遇等责任。根据相关司法解释，承包人违法转包、分包给无合法经营资格主体，或者被挂靠人允许挂靠的，均需承担此类责任。
- 若承包人或被挂靠人拒绝承担责任，员工可以通过法律途径解决，包括申请劳动仲裁或提起诉讼。
三、证据留存与维权建议
- 证据留存：劳动者在提供劳动时，应注意留存劳动报酬支付凭证、工作证件、微信或邮件中的任务布置记录等证据。这些证据在权益受损时至关重要，有助于举证维权。
- 维权途径：当权益受到侵害时，劳动者应首先尝试与用工方协商解决。若协商无果，可以向当地劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁。对仲裁结果不服的，还可以依法提起诉讼。
四、案例参考
以某建设公司允许郭某等以公司名义对外承揽建设工程为例，刘某承包了部分劳务并雇佣了农民工卢某。后刘某拖欠卢某工资，某建设公司作为被挂靠单位也需承担清偿责任。这一案例充分说明了在挂靠关系中，被挂靠单位对员工权益的保护责任。
综上所述，被挂靠员工在遭遇欠薪、工伤等问题时，应依法向承包人或被挂靠人主张权利，并注意留存相关证据以便维权。同时，也建议用工方依法依规用工，避免挂靠等违法行为带来的法律风险。