针对您提出的“对被挂靠的施工单位怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规，为您详细解答。
首先，需要明确的是，挂靠行为在建设工程领域是严格禁止的。根据《建筑法》及相关规定，施工单位通过挂靠方式，以其他施工单位的名义承揽工程，属于违法行为。这种行为不仅扰乱了建筑市场的正常秩序，还可能对工程质量造成严重影响。
对于被挂靠的施工单位，一旦发现其存在挂靠行为，将面临以下处理措施：
责令停止违法行为：住房城乡建设或者专业工程行政主管部门将责令被挂靠的施工单位立即停止挂靠行为，防止其继续以不正当手段承揽工程。
没收违法所得：对于被挂靠的施工单位通过挂靠行为所获得的违法所得，相关部门将依法予以没收。
处以罚款：根据工程合同价款的一定比例（百分之二以上百分之四以下），对被挂靠的施工单位处以罚款。这一措施旨在通过经济手段，对违法行为进行惩戒。
责令停业整顿或降低资质等级：对于情节较为严重的挂靠行为，相关部门可以责令被挂靠的施工单位停业整顿，或者降低其资质等级。这将直接影响其未来的业务承接能力和市场竞争力。
吊销资质证书：在情节特别严重的情况下，相关部门有权吊销被挂靠的施工单位的资质证书。这意味着该单位将失去从事相关工程业务的资格，对其造成极大的打击。
此外，如果被挂靠的施工单位未取得资质证书而通过挂靠承揽工程，那么其将面临从重处罚。这是因为，未取得资质证书本身就已经违反了相关法律法规，而挂靠行为则进一步加剧了其违法性。
综上所述，对于被挂靠的施工单位，相关部门将依法采取一系列严厉的处理措施，以维护建筑市场的正常秩序和工程质量。因此，我建议施工单位应严格遵守相关法律法规，杜绝挂靠行为的发生，共同营造一个健康、有序的建筑市场环境。