针对您提出的“施工企业被挂靠违法怎么处理”的问题，这是一个涉及多个法律层面的复杂问题。以下是我为您详细梳理的解答：
一、行政处罚层面
在建筑行业中，若施工企业被挂靠，即允许其他单位或个人使用其资质证书、营业执照承揽工程，这是明确违法的。根据《中华人民共和国建筑法》及相关规定，此类行为将受到以下行政处罚：
责令改正与罚款：施工企业将被责令改正违法行为，并没收违法所得，同时处以罚款。罚款数额根据违法情节的严重性确定，对施工单位的罚款可达工程合同价款的2%至4%。
停业整顿与降低资质等级：若情节严重，施工企业还可能被责令停业整顿，甚至降低或吊销资质证书。这对企业的声誉和业务发展将构成极大威胁。
市场禁入：对于情节特别恶劣的挂靠行为，相关部门可能对责任单位实施市场禁入，禁止其在一定期限内参与工程建设活动。
二、民事责任层面
施工企业被挂靠还可能引发一系列民事责任问题：
合同效力问题：挂靠人与被挂靠人签订的挂靠协议以及以被挂靠人名义签订的建设工程施工合同通常被认定为无效合同。这意味着，一旦合同出现问题，双方可能无法依据合同条款来维护自身权益。
连带赔偿责任：若因挂靠导致的工程质量问题造成损失，施工企业与使用其名义的单位或个人需承担连带赔偿责任。这包括修复费用、赔偿损失等，可能给施工企业带来沉重的经济负担。
三、刑事责任层面
在极端情况下，施工企业被挂靠还可能涉及刑事责任：
非法经营罪：若挂靠单位无相关资质而从事经营活动，且情节严重，可能构成非法经营罪。根据《刑法》相关规定，将面临有期徒刑、拘役及罚金等刑事处罚。
其他刑事责任：在违法挂靠过程中，若存在严重偷逃税款、行贿受贿、重大工程安全事故等行为，也可能触犯刑法，相关责任人需承担相应的刑事责任。
四、其他法律后果
除了上述行政、民事和刑事责任外，施工企业被挂靠还可能面临其他法律后果：
不法收益追缴：法院有权对双方在履行挂靠合同过程中所获取的不法收益进行追缴。
信用记录影响：违法挂靠行为可能导致施工企业信用记录受损，影响其未来在市场中的活动和声誉。
建议与总结
针对施工企业被挂靠违法的问题，我建议您采取以下措施：
严格审查挂靠行为：施工企业应加强对挂靠行为的审查和管理，确保不与无资质或信誉不佳的单位或个人进行挂靠合作。
加强内部管理：完善企业内部管理制度，明确资质证书、营业执照等重要证件的使用和管理流程，防止被他人非法使用。
寻求法律帮助：若发现被挂靠或涉及挂靠纠纷，应及时寻求专业法律帮助，以维护自身合法权益。
总之，施工企业被挂靠违法将面临严重的法律后果，包括行政处罚、民事责任及刑事责任等。因此，施工企业应严格遵守相关法律法规，坚决杜绝挂靠行为的发生。