对于违法挂靠的员工，处理方式会因具体领域和法规的不同而有所差异，但通常都会遵循一系列明确的法律程序。以下是一般性的处理流程和建议：
首先，一旦发现员工存在违法挂靠行为，公司应立即进行内部调查，确认事实真相，并收集相关证据。这一步骤对于后续的法律处理至关重要。
接下来，根据调查情况，公司应依据相关法律法规和内部规章制度，对违规员工进行相应处罚。这些处罚可能包括但不限于：
责令改正：要求员工立即停止违法挂靠行为，并纠正相关错误。
没收违法所得：如果员工通过违法挂靠获得了经济利益，公司应依法追缴这些违法所得。
罚款：根据具体法规，公司可能对员工处以一定数额的罚款，通常这会与工程合同价款的一定比例挂钩，如2%至4%不等。
降低资质等级或吊销资质证书：对于涉及专业资质的员工，如果违法挂靠行为严重，可能会面临资质等级降低或资质证书被吊销的处罚。
执业资格处罚：在某些专业领域，如建造师等，一旦查实存在挂靠行为，可能会撤销其注册，并在一定期限内禁止其从事相关职业。
法律追责：如果违法挂靠行为导致了严重的法律后果，如工程质量问题、安全事故等，公司还可能面临法律追责，包括民事赔偿和刑事责任等。
除了对员工的处罚外，公司还应加强内部管理，完善相关制度，防止类似事件再次发生。例如，可以加强员工培训和教育，提高员工的法律意识和职业道德水平；建立健全的监管机制，定期对员工的执业行为进行审查和监督；以及加强与相关部门的沟通和协作，共同打击违法挂靠行为。
最后，需要强调的是，处理违法挂靠员工时应遵循法律程序，确保处罚的公正性和合法性。同时，公司也应积极维护自身权益，避免因员工违法挂靠行为而承担不必要的法律风险和责任。