结论前置：公司应按照以下步骤处理驾驶员因对方主责车祸被认定为工伤的情况：

1. 及时申报工伤并配合认定程序

• 核心义务：根据《工伤保险条例》第17条，公司应在事故发生后30日内向社保部门提出工伤认定申请（若未及时申请，期间发生的工伤待遇由公司承担）。
• 操作要点：
  • 提交材料：工伤认定申请表、劳动关系证明、医疗诊断证明、交通事故责任认定书（需明确对方主责）。
  • 配合调查：社保部门可能要求补充材料或核实情况，公司需积极配合。

2. 区分工伤赔偿与交通事故赔偿的界限

• 双重赔偿原则：根据《社会保险法》第42条及司法实践，驾驶员可同时主张：
  1. 工伤保险待遇（由公司或社保基金支付）：医疗费、停工留薪期工资、伤残津贴等。
  2. 交通事故民事赔偿（由对方车主或保险公司支付）：误工费、护理费、残疾赔偿金等。
• 关键限制：医疗费、辅助器具费等实际支出项目不可重复获赔，需在两方赔偿中抵扣。

3. 公司内部处理与责任划分

• 非自身过错免责：若驾驶员无故意或重大过失（如酒驾、超速等），公司无需承担额外赔偿责任。
• 管理义务：
  • 检查车辆保险：确保交强险、商业三者险足额投保，降低对外赔偿风险。
  • 完善安全制度：若事故暴露管理漏洞（如未定期检修车辆），需及时整改以避免后续责任。

4. 协助驾驶员主张权利

• 指导取证：协助收集交通事故证据（如现场照片、证人联系方式）、医疗记录等。
• 协调沟通：在驾驶员与对方车主、保险公司协商时，可提供法律意见或参与谈判。

5. 争议处理预案

• 复议或诉讼：若社保部门不予认定工伤，公司可在60日内申请行政复议，或6个月内提起行政诉讼。
• 内部纠纷：若驾驶员主张公司未尽义务，需保留申报工伤、支付待遇的凭证以自证。

温馨提示：具体操作需结合地方实施细则（如工伤认定流程差异），建议公司法务或人力资源部门全程跟进。如有细节疑问，可直接向我咨询。