员工不配合做劳动能力鉴定，公司一般无权直接就此申请劳动仲裁，但可基于鉴定结果引发的具体劳动争议申请仲裁。以下是对此问题的详细分析：

一、劳动能力鉴定的性质与不服鉴定的处理

劳动能力鉴定是对劳动功能障碍程度和生活自理障碍程度的等级鉴定，其结论具有法律效力。若员工或公司对鉴定结论不服，不能直接申请劳动仲裁，而应在收到鉴定结论之日起15日内向省、自治区、直辖市劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请。这是处理对劳动能力鉴定结论不服的法定途径。

二、公司申请劳动仲裁的条件

公司申请劳动仲裁，必须基于具体的劳动争议。在员工不配合做劳动能力鉴定的情况下，如果这一行为并未直接引发如工伤保险待遇等具体的劳动争议，公司通常无权直接申请劳动仲裁。然而，如果因员工不配合鉴定导致无法确定其劳动能力等级，进而影响到工伤保险待遇的计算和支付，且双方就此产生分歧，公司就可以就该工伤保险待遇纠纷申请劳动仲裁。

三、公司应对员工不配合鉴定的策略

1. 沟通与协商：公司应首先尝试与员工进行沟通，了解其不配合鉴定的原因，并尝试通过协商解决问题。

2. 依法处理：如果沟通无果，公司应依法向劳动能力鉴定委员会提出再次鉴定申请（如果符合再次鉴定的条件），或者依据已有的鉴定结果（如果员工之前已经配合过鉴定）和相关法律法规，处理与员工的劳动争议。

3. 准备仲裁材料：如果基于鉴定结果引发了具体的劳动争议，且双方无法协商解决，公司应准备相关的仲裁材料，如仲裁申请书、证据材料等，依法向劳动仲裁机构申请仲裁。

四、法律后果与风险提示

• 如果公司未经合法程序直接申请劳动仲裁，可能会面临仲裁机构不予受理或驳回申请的风险。
• 如果因员工不配合鉴定导致公司无法及时确定其劳动能力等级，进而影响到工伤保险待遇的支付，公司可能会面临法律纠纷和赔偿责任。因此，公司应依法处理此类问题，避免不必要的法律风险。

建议：公司在处理员工不配合做劳动能力鉴定的问题时，应依法行事，通过沟通、协商和法律途径解决问题。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。