结论前置：经理从您工资卡里扣除1000元，并声称是用于与另一同事平分全勤及电话费的行为，若未经您同意，则可能构成违法。您有权要求经理返还该笔款项，并可通过法律途径维护自身权益。
法律分析：
工资支付原则：
- 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。
- 经理未经您同意，擅自从您工资卡中扣除1000元，违反了工资支付原则，构成了对劳动者权益的侵害。
扣款合法性：
- 除非有明确的劳动合同约定或规章制度规定，且该约定或规定不违反法律法规的强制性规定，否则用人单位不得随意扣款。
- 在本案例中，若没有相关约定或规定支持经理的扣款行为，则该扣款行为缺乏合法性依据。
全勤及电话费问题：
- 全勤奖励和电话费补贴通常属于用人单位给予劳动者的福利待遇，其发放标准和方式应由用人单位与劳动者协商确定，并明确写入劳动合同或规章制度中。
- 若用人单位未与劳动者协商一致，擅自改变福利待遇的发放方式和标准，可能构成违约或侵权。
法律建议：
与经理沟通：
- 首先，您可以尝试与经理进行沟通，了解扣款的具体原因和依据，并要求其提供相关的劳动合同约定或规章制度规定。
- 若经理无法提供合法依据，您可以明确表示反对该扣款行为，并要求其返还扣款。
向用人单位提出异议：
- 若与经理沟通无果，您可以向用人单位的人力资源部门或相关负责人提出异议，要求其介入处理并返还扣款。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 若用人单位未能在合理期限内解决争议，您可以向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求用人单位返还扣款并支付相应的赔偿。
- 若对劳动仲裁结果不满，您还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自身权益。
可能法律后果：
- 若经理或用人单位的扣款行为被认定为违法，其可能面临返还扣款、支付赔偿金以及承担相关法律责任的风险。
- 同时，该行为也可能对用人单位的声誉和劳动关系造成负面影响。
总结与建议：
经理未经您同意从工资卡中扣除1000元的行为可能构成违法。您有权要求返还扣款，并可通过与经理沟通、向用人单位提出异议、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径维护自身权益。在处理此类争议时，建议您保留好相关证据，如工资条、银行流水记录等，以便在需要时提供证明。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。