关于仲裁加班费打卡在总公司的情况，你可以这样处理：
首先，要明确的是，无论打卡地点是在总公司还是分公司，只要你能证明存在加班事实，并且该加班是为了完成与工作相关的任务，你就有权要求相应的加班费。这一点是基于《劳动法》的相关规定，即劳动者在完成本职工作之外，因工作需要而额外付出的劳动，应当得到相应的报酬。
针对你的情况，我建议从以下几个方面入手：
收集证据：
- 打卡记录：尽管打卡在总公司，但打卡记录本身可以作为你出勤和加班的初步证据。确保你能获取到这些记录，无论是纸质版还是电子版。
- 加班通知或邮件：如果有公司发出的加班通知、邮件或工作安排等，这些也是证明你加班事实的重要证据。
- 同事证言：如果有同事能证明你确实在加班期间工作，他们的证言也可以作为辅助证据。
- 工作成果：你加班期间完成的工作成果，如报告、文件等，也是证明你加班的有效证据。
与公司协商：
- 在收集到足够证据后，你可以先尝试与公司进行协商，要求公司支付相应的加班费。
- 协商时，要保持冷静和理性，明确表达你的诉求和依据。
申请劳动仲裁：
- 如果协商无果，你可以向当地的劳动仲裁机构申请劳动仲裁。
- 在申请仲裁时，你需要提交仲裁申请书、相关证据材料以及你的身份证明等文件。
- 仲裁机构会根据你的申请和提交的证据进行审理，并作出裁决。
注意仲裁时效：
- 根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
- 因此，你要确保在时效期间内申请仲裁，以免丧失维权机会。
可能的法律后果：
- 如果仲裁裁决支持你的诉求：公司需要按照裁决结果支付你相应的加班费。
- 如果仲裁裁决不支持你的诉求：你可以考虑向人民法院提起诉讼，要求法院重新审理此案。但请注意，诉讼过程可能更加复杂和耗时。
额外建议：
- 保留好所有证据：无论是协商还是仲裁，证据都是关键。确保你能随时提供出充分的证据来支持你的诉求。
- 了解公司政策：在申请仲裁前，最好先了解一下公司的加班政策和相关规定，以便更好地制定你的维权策略。
- 寻求专业帮助：如果你对法律程序不熟悉或感到困惑，可以考虑寻求专业律师的帮助。他们可以提供更具体的法律建议和指导。
最后，如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供更详细和专业的法律建议。