结论：若你先以协商方式解除劳动关系，但公司后续又出具了以旷工为由的开除通知书，该通知书的效力需结合具体情况判断，关键在于劳动合同的解除时间点和解除的合法性。
一、劳动合同解除的时间点与效力
协商解除的效力：
- 若你与公司已就协商解除劳动关系达成一致，并形成了书面协议或其他可证明的证据（如邮件、短信、录音等），则劳动合同自双方协商一致时解除。
- 在此情况下，公司后续再以旷工为由出具开除通知书，通常不会改变劳动合同已协商解除的事实。但需注意，若协商解除的协议中存在附条件或附期限的条款，且条件未成就或期限未届满，则公司可能仍有权依据协议条款或法律规定解除劳动合同。
开除通知书的效力：
- 若公司在你协商解除劳动关系后，未经你同意，单方面以旷工为由出具开除通知书，且该旷工事实不存在或无法证明，则该开除通知书可能因缺乏事实依据而无效。
- 但若公司能证明你确实存在旷工行为，且该行为符合《劳动合同法》第三十九条规定的过失性辞退情形，则公司有权依法解除劳动合同，此时开除通知书具有法律效力。
二、公司行为的合法性与举证责任
公司的合法解除权：
- 根据《劳动合同法》第三十九条，劳动者存在严重违反用人单位规章制度、严重失职或营私舞弊给用人单位造成重大损害等情形时，用人单位有权解除劳动合同。
- 若公司以旷工为由解除劳动合同，需证明你确实存在旷工行为，且该行为达到了严重违反公司规章制度或造成重大损害的程度。
举证责任：
- 在劳动争议中，用人单位对作出开除、辞退等决定负有举证责任。若公司无法证明你存在旷工行为或该行为不符合法定辞退情形，则可能被认定为违法解除劳动合同。
- 你作为劳动者，若主张公司违法解除劳动合同，也需提供相应证据证明自己的主张，如协商解除的协议、工作记录、考勤记录等。
三、你的维权途径与建议
收集证据：
- 尽快收集与协商解除劳动关系相关的证据，如协议、邮件、短信、录音等。
- 同时，保留与公司沟通关于开除通知书的记录，如邮件、短信、录音等，以证明公司行为的合法性或违法性。
申请劳动仲裁：
- 若你认为公司违法解除劳动合同，可向当地劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求公司支付违法解除劳动合同的赔偿金。
- 在仲裁过程中，需充分举证证明自己的主张，并反驳公司的辩解。
寻求法律援助：
- 若你在仲裁过程中遇到困难或需要专业法律帮助，可咨询我或寻求其他专业律师的协助。
举例说明：假设你与公司已就协商解除劳动关系达成一致，并形成了书面协议。但公司后续又以你旷工为由出具开除通知书。在此情况下，你可提供协商解除的协议作为证据，证明劳动合同已协商解除。若公司无法证明你存在旷工行为或该行为不符合法定辞退情形，则仲裁委员会可能认定公司违法解除劳动合同，并支持你要求支付赔偿金的请求。
最后建议：面对此类情况，建议你保持冷静，及时收集证据，并咨询我或寻求其他专业律师的协助，以维护自己的合法权益。