核心结论：公交车司机因工作患传染病，公司是否赔偿及如何赔偿需结合具体情况，包括传染病是否与工作相关、公司是否尽到安全保障义务、是否购买工伤保险等。以下是具体分析：

1. 若传染病与工作直接相关，公司可能需承担工伤赔偿责任

• 法律依据：根据《工伤保险条例》，劳动者在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害或患职业病的，应认定为工伤。若司机感染的传染病属于职业病（如长期接触污染环境导致的疾病），或能证明感染与工作直接相关（如车内乘客携带病毒导致感染），则可能被认定为工伤。
• 赔偿内容：公司需承担工伤医疗费用、停工留薪期工资、一次性伤残补助金（若构成伤残）等。若公司未购买工伤保险，则全部费用由公司承担。

2. 若传染病与工作无直接关联，但公司未尽安全保障义务，可能需承担部分责任

• 法律依据：根据《民法典》第1191条，用人单位的工作人员因执行工作任务造成他人损害的，由用人单位承担侵权责任。若司机感染传染病后未及时隔离或报告，导致乘客或其他员工感染，公司可能因管理疏忽承担责任。
• 赔偿内容：若公司未提供防护措施（如口罩、消毒设备）、未定期组织体检或未及时报告疫情，导致传染病扩散，可能需赔偿受害者医疗费、误工费等。

3. 若公司已尽到合理义务，且传染病与工作无关，公司无需赔偿

• 法律依据：若司机感染的传染病属于个人生活原因（如家庭成员传染、非工作场合接触），且公司已提供必要的防护措施和健康管理，则公司无需承担赔偿责任。
• 例外情形：若公司存在故意隐瞒疫情、强迫司机带病工作等违法行为，仍可能承担法律责任。

4. 建议处理步骤

• 第一步：司机应尽快申请工伤认定，提供医疗证明、工作记录等证据，证明感染与工作相关。
• 第二步：若公司拒绝赔偿，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 第三步：若涉及乘客或其他员工感染，受害者可向公司主张侵权赔偿，需提供感染与工作环境的关联证据。

温馨提示：传染病赔偿问题涉及工伤、侵权、劳动法等多领域，具体需结合病例、工作记录、公司管理制度等证据综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合您的具体情况提供详细解答。