结论前置：员工患传染病公司解除劳动合同是否有赔偿款，取决于解除合同的具体情况和法律法规的适用。若公司违法解除，员工有权要求赔偿；若员工主动解除且公司无过错，则通常无赔偿。

分析说明：

1. 公司违法解除劳动合同：

   • 若员工患传染病期间，公司单方面违法解除劳动合同（如未经法定程序、未支付经济补偿等），根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，员工有权要求公司支付赔偿金。赔偿金按照经济补偿标准的二倍支付，经济补偿按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。

2. 员工主动解除劳动合同：

   • 若员工因个人健康原因主动向公司提出解除劳动合同，且公司不存在未按照劳动合同约定提供劳动保护或条件、未及时足额支付劳动报酬、未依法缴纳社会保险费等违法情形，公司通常无需支付经济补偿。

3. 协商一致解除劳动合同：

   • 若员工患传染病后，双方能够协商一致解除劳动合同，并且公司同意支付经济补偿，那么员工可以按照双方达成的协议获得相应的补偿。这种协商结果属于双方意思自治的范畴，只要不违反法律法规的强制性规定，即为有效。

4. 医疗期内的特殊保护：

   • 员工在规定的医疗期内，公司不得随意解除劳动合同。若公司在医疗期内违法解除，员工同样有权要求赔偿。医疗期的具体长度根据员工的实际工作年限和在本单位工作年限来确定。

法律建议：

• 员工在患病期间应保留好相关医疗证明、劳动合同等证据，以便在必要时通过法律途径维护自己的合法权益。
• 若公司提出解除劳动合同，员工应仔细审查解除合同的通知和理由，确保自己的权益不受侵害。
• 如遇纠纷，建议员工及时咨询专业律师（如郝恺宁律师），以获取更准确的法律意见和帮助。

行动指南：

• 若您正面临此类问题，请首先尝试与公司协商解决。
• 协商无果时，请保留好相关证据，并及时向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
• 如有需要，可直接向郝恺宁律师咨询，以获取专业的法律支持和帮助。