员工在职期间患有传染病，公司一般不能单方解除劳动合同，但存在例外情况。以下从不同角度为您详细分析：
一、医疗期内的保护
根据《中华人民共和国劳动法》第二十九条和《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条的规定，劳动者在患病或者非因工负伤，在规定的医疗期内的，用人单位不得依据无过失性辞退和经济性裁员的规定解除劳动合同。这意味着，如果员工在职期间患有传染病，且处于医疗期内，公司无权单方解除劳动合同。
医疗期的具体时长：根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，医疗期的长短根据员工本人实际参加工作年限和在本单位工作年限来确定，一般为三个月到二十四个月。
违法解除的后果：如果公司违反法律规定，在医疗期内单方解除劳动合同，将面临法律制裁，包括支付赔偿金（通常为经济补偿标准的两倍）、恢复劳动关系等。
二、医疗期满后的处理
如果医疗期满，员工不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作，公司可以提前三十日以书面形式通知员工，或者额外支付员工一个月工资后，解除劳动合同，并支付经济补偿。
经济补偿的计算：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
三、例外情况
尽管员工在医疗期内享有法律保护，但存在以下例外情况，公司可以单方解除劳动合同：
员工故意隐瞒病史、拒绝隔离等严重违反规章制度：如果员工的行为严重违反了公司的规章制度，且该规章制度已经过合法程序制定并公示，公司可以依据过失性辞退条款解除劳动合同，且无需支付经济补偿。
试用期不符合录用条件：如果员工在试用期内被证明无法胜任工作且符合录用条件中的相关规定，公司可以依法解除劳动合同。但这与员工是否患病无直接关系，而是基于其工作能力是否符合岗位要求。
四、建议与措施
对于员工：如果患有传染病，应及时告知公司，并按照公司的要求进行隔离治疗或采取其他必要的防护措施。同时，应保留好相关医疗证明和费用单据，以便在需要时维护自己的合法权益。
对于公司：应尊重员工的合法权益，不得在医疗期内单方解除劳动合同。如果员工患有传染病，公司应提供必要的医疗支持，如调整工作岗位、安排远程办公等，以减轻员工的工作压力，促进其早日康复。同时，公司应完善规章制度，明确员工在患病期间的权利和义务，以及公司在此情况下的管理措施和责任。
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