结论前置：针对您与事业单位签订停薪留职协议后，未经上级主管部门批准的情况，处理方式需结合具体情形和法律规定来综合判断。以下分情况为您详细阐述：

1. 若停薪留职协议本身未明确要求上级主管部门批准：

   • 在此情况下，若协议内容合法、双方意思表示真实，且未违反法律法规的强制性规定，那么该协议在双方之间是有效的。未经上级主管部门批准，可能并不直接影响协议在您与事业单位之间的效力。但需注意，若事业单位因此受到其上级主管部门的内部管理处罚或要求整改，可能会间接影响到您与事业单位之间的合作关系或后续处理。
   • 建议：与事业单位沟通，了解其上级主管部门的态度和要求，尽量协商解决，避免因此产生不必要的纠纷。

2. 若停薪留职协议明确要求上级主管部门批准：

   • 若协议中明确规定了需经上级主管部门批准后协议才生效，或未经批准协议无效等条款，那么未经批准的情况下，该协议可能处于未生效或无效状态。这可能导致您与事业单位之间的权利义务关系处于不确定状态。
   • 建议：首先，查看协议中的相关条款，明确批准的要求和后果；其次，尽快与事业单位及上级主管部门沟通，了解未批准的原因，并尝试补办批准手续或协商其他解决方案；最后，若无法达成一致，可考虑通过法律途径解决纠纷，如提起民事诉讼或申请仲裁。

3. 从事业单位内部管理角度：

   • 事业单位作为公共机构，其内部管理往往受到较为严格的规范和监督。未经上级主管部门批准的停薪留职，可能违反了事业单位的内部管理规定或上级主管部门的指令性要求。
   • 建议：若您希望继续维持停薪留职状态，应主动与事业单位及上级主管部门沟通，说明情况并寻求解决方案；若无法维持，则应按照事业单位的要求或协议约定，妥善处理后续事宜，如恢复工作、办理离职手续等。

额外提醒：在处理此类问题时，务必保留好与事业单位签订的停薪留职协议及相关沟通记录等证据材料，以备不时之需。同时，由于法律问题的复杂性和多样性，建议您在处理过程中如有疑问或需要进一步的法律帮助，可直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更为详细和专业的法律意见。