针对您提出的“事业单位违规停薪留职怎么处理”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，在我国现行的事业单位人事管理制度中，已不再明确存在“停薪留职”的政策规定。这一概念起源于上世纪80年代初，但随着时间的推移和劳动法规的完善，该政策已逐渐退出历史舞台。
关于违规停薪留职的认定：
如果事业单位未经与职工协商一致，或未按照相关规定办理手续，就擅自对职工进行停薪留职处理，这很可能构成违规行为。违规停薪留职可能涉及侵犯职工的合法权益，如工资福利、社会保险等。
处理违规停薪留职的建议：
与单位沟通协商：
- 职工应首先与所在单位的人事部门或相关负责人进行沟通，了解停薪留职的具体原因和依据。
- 表达自己的诉求和意见，要求单位按照法律法规和单位规定处理此事。
咨询当地人社部门：
- 如果与单位沟通无果，职工可以向当地的人力资源和社会保障部门咨询相关政策，了解自己的权益和义务。
- 人社部门可以提供专业的指导和建议，帮助职工维护自己的合法权益。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果单位的行为确实侵犯了职工的合法权益，且沟通协商和咨询人社部门均无法解决问题，职工可以考虑申请劳动仲裁或提起诉讼。
- 劳动仲裁或诉讼是维护职工合法权益的法定途径，可以通过法律手段要求单位承担相应的法律责任。
注意事项：
- 在处理违规停薪留职问题时，职工应保留好相关证据，如工资单、停薪留职通知、沟通记录等，以便在需要时提供证明。
- 职工应了解并遵守国家法律法规和单位相关规定，不得采取过激行为或违法手段来维护自己的权益。
- 由于事业单位人事制度改革不断推进，一些地区和单位可能对相关政策进行调整或暂停实施。因此，职工在处理问题时应以所在单位及当地人力资源和社会保障部门的规定为准。
综上所述，对于事业单位违规停薪留职的问题，职工应通过与单位沟通协商、咨询当地人社部门、申请劳动仲裁或提起诉讼等途径来维护自己的合法权益。同时，职工也应了解并遵守相关法律法规和单位规定，以合法、合理的方式解决问题。