员工关系不在公司，但公司仍进行了处分，这种情况下，员工首先需要明确的是，公司的处分行为是否合法有效，这主要取决于员工与公司之间的劳动关系状态以及公司处分所依据的事实和程序。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、劳动关系状态的影响
若员工已正式离职：
- 一般情况下，员工离职后，公司不再对其有管理权，因此无权进行处分。
- 如果公司仍进行处分，且该处分涉及员工名誉、经济利益等，员工有权要求公司停止侵害、消除影响、恢复名誉，并可依法追究公司的法律责任。
若员工未正式离职，但处于停职、休假等状态：
- 在此期间，员工与公司仍保持劳动关系，公司有权根据内部规章制度对员工进行管理。
- 但公司的处分必须基于合法的事实和程序，否则员工有权提出异议，并可要求公司撤销或改正不当的处分。
二、公司处分所依据的事实和程序
事实依据：
- 公司的处分必须基于真实、合法的事实。如果处分所依据的事实不成立或存在争议，员工有权要求公司提供证据，并可依法申请仲裁或提起诉讼。
程序合法性：
- 公司的处分必须遵循内部规章制度规定的程序。如果处分程序违法或存在瑕疵，如未事先告知员工、未听取员工陈述和申辩等，员工有权提出异议，并可要求公司重新处理或撤销处分。
三、员工的应对措施
与公司沟通：
- 员工可以首先尝试与公司沟通，了解处分的原因和依据，并表达自己的异议和诉求。
- 如果公司愿意协商解决，双方可以达成和解协议，从而避免进一步的法律纠纷。
申请劳动仲裁：
- 如果沟通无果，员工可以向当地劳动仲裁机构申请劳动仲裁。
- 劳动仲裁机构将依法对争议进行调解或裁决，员工可以根据仲裁结果要求公司履行义务或承担责任。
提起诉讼：
- 如果对劳动仲裁结果不满意，员工还可以向法院提起诉讼。
- 法院将依法对案件进行审理，并作出判决。员工可以根据判决结果要求公司履行义务或承担责任。
四、法律建议
- 保留证据：员工应妥善保留与处分相关的所有证据，如处分通知、沟通记录、规章制度等，以便在需要时提供证明。
- 及时行动：员工在发现公司的不当处分后，应及时采取行动，避免超过法律规定的时效期间。
- 寻求专业帮助：如果员工对法律程序不熟悉或感到困惑，可以寻求专业律师的帮助，以确保自己的权益得到充分保护。
总之，员工关系不在公司时，公司仍进行处分的情况需要具体分析。员工应根据自己的实际情况和公司的处分行为，采取合适的应对措施，以维护自己的合法权益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。