若员工关系不在公司，但公司仍进行处罚，这通常是不合法的，员工有权采取相应措施维护自身权益。以下是从不同角度对此问题的详细分析：

一、法律角度

1. 劳动关系认定：

   • 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动关系是指劳动者与用人单位之间，依法所确立的劳动过程中的权利义务关系。若员工关系已不在公司，即双方已解除或终止劳动合同，公司则无权再对员工进行处罚。

2. 处罚合法性：

   • 公司对员工的处罚必须基于合法的规章制度，且这些规章制度需经过民主程序制定，并公示或告知员工。若员工关系已不在公司，公司再对其进行处罚，显然缺乏合法依据。

二、实际操作角度

1. 核实劳动关系状态：

   • 员工应首先核实自己与公司的劳动关系状态，确认是否已解除或终止劳动合同。这可以通过查看劳动合同、解除或终止劳动合同的证明等文件来确认。

2. 与公司沟通：

   • 若确认劳动关系已不在公司，但公司仍进行处罚，员工可以与公司进行沟通，要求公司停止不当行为，并说明理由。

3. 收集证据：

   • 若沟通无果，员工应收集相关证据，如处罚通知、劳动合同、解除或终止劳动合同的证明等，以备后续维权之需。

三、维权途径

1. 劳动争议调解：

   • 员工可以向所在地的劳动争议调解组织申请调解，寻求双方都能接受的解决方案。

2. 劳动争议仲裁：

   • 若调解无果，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求确认公司处罚行为违法，并可能要求公司赔偿因此造成的损失。

3. 诉讼：

   • 若对仲裁结果不服，员工还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。

四、可能后果

1. 公司承担法律责任：

   • 若公司被认定对已不在其劳动关系的员工进行处罚，公司可能需要承担相应的法律责任，包括赔偿员工因此造成的损失等。

2. 影响公司声誉：

   • 此类事件还可能对公司的声誉造成负面影响，影响公司的业务发展和员工招聘等。

建议：

• 若您遇到此类情况，建议首先与公司进行沟通，明确双方劳动关系状态，并要求公司停止不当行为。
• 若沟通无果，请及时收集相关证据，并考虑通过劳动争议调解、仲裁或诉讼等途径维护自己的合法权益。

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